Data source for the ReMap REST API

Content This Zenodo contains the ReMap BED files in bgzip format with the TABIX indexes for the 2022, 2020, 2018 and 2015 ReMap releases. It contains all three data types (all peaks, non-redundant peaks and CRMs), except for 2015 (only all peaks, and non-redundant peaks available). Format The files formats for BGZIP BED files and TABIX indexes are as follow : remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz.tbi remap2018 : ReMap release number (2015, 2018, 2020 or 2022) all : data types (all= all peaks, nr= non-redundant peaks, crm=CisRegulatoryModules) macs2 : peak caller used (always macs2) hg38 : assembly version (hg19, hg38, mm10 etc..) v1.2 : version patches The versioning number (eg. v1.2, v1.0) which varies between ReMap releases have been normalized with symlinks pointing to *latest* files. e.g. remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz --> remap2018_all_macs2_hg38_latest.bed.gz Folder architecture The architecture is as follow : . ├── 2015 │ ├── hg19 │ └── hg38 ├── 2018 │ ├── hg19 │ └── hg38 ├── 2020 │ ├── TAIR10 │ ├── hg19 │ └── hg38 └── 2022 ├── TAIR10 ├── dm6 ├── hg19 ├── hg38 ├── mm10 └── mm39### 数据集概况 本Zenodo平台存储有针对2022、2020、2018及2015版ReMap发布版本的bgzip压缩格式（bgzip）BED文件（Browser Extensible Data），以及配套的TABIX索引工具（TABIX）生成的索引文件。 该数据集涵盖全部三类数据类型：全峰集、非冗余峰集以及顺式调控模块（Cis-Regulatory Modules, CRMs），但2015版仅提供全峰集与非冗余峰集。 ### 文件命名格式 BGZIP压缩BED文件与TABIX索引的命名规则如下： remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz.tbi 各字段含义说明如下： - remap2018：ReMap发布版本号，可选值为2015、2018、2020或2022 - all：数据类型，`all`代表全峰集，`nr`代表非冗余峰集，`crm`代表顺式调控模块 - macs2：使用的峰调用工具，固定为macs2 - hg38：基因组组装版本，例如hg19、hg38、mm10等 - v1.2：版本补丁号 不同ReMap发布版本的版本号（如v1.2、v1.0）已通过符号链接统一指向最新版本文件，示例如下： remap2018_all_macs2_hg38_v1_2.bed.gz --> remap2018_all_macs2_hg38_latest.bed.gz ### 目录结构 数据集的目录结构如下： . ├── 2015 │ ├── hg19 │ └── hg38 ├── 2018 │ ├── hg19 │ └── hg38 ├── 2020 │ ├── TAIR10 │ ├── hg19 │ └── hg38 └── 2022 ├── TAIR10 ├── dm6 ├── hg19 ├── hg38 ├── mm10 └── mm39