Additional file 2 of Genetic and functional interaction network analysis reveals global enrichment of regulatory T cell genes influencing basal cell carcinoma susceptibility

Additional file 2: Supplementary Tables. Table S1. Independent common variants associated with BCC in GWAS analysis at P-value < 5E-8. Table S2. Common variants identified by GCTA-COJO analysis of BCC at P < 5E-8 . Table S3. Quantification of the correlation of eQTL effects (r̂ ) between blood and skin samples. Table S4. BCC-associated CpG methylation sites via SMR analysis of the GWAS meta-analysis and mQTL data. Table S5. Mapping the BCC-associated CpG methylation sites to the BCC-associated genes via SMR analysis using the eQTLGen eQTL data. Table S6. BCC GWAS-FI network Pathway Analysis. Table S7. BCC GWAS-FI network GO-Process Analysis. Table S8. BCC SMR-FI network Pathway Analysis. Table S9. BCC SMR-FI network GO-Process Analysis. Table S10. Pubmed search of SMR-HEIDI candidate genes biological processes. Table S11. BCC-associated genes identified via SMR analysis using GTEx and eQTLGen eQTL data. Table S12. Pearson’s correlation of GTEx and eQTLGen eQTL data. This excel file contains 11 supplementary tables, related to the main text.附加文件2：补充附表。 表S1：全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）中P值小于5×10^-8的与基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）相关的独立常见变异体。 表S2：通过GCTA-COJO分析针对基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）筛选出的P值小于5×10^-8的常见变异体。 表S3：血液与皮肤样本间表达数量性状位点（expression Quantitative Trait Locus, eQTL）效应相关性（r̂）的定量分析结果。 表S4：通过对全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study, GWAS）荟萃分析及甲基化数量性状位点（methylation Quantitative Trait Locus, mQTL）数据开展基于汇总数据的孟德尔随机化（Summary Mendelian Randomization, SMR）分析，筛选出的与基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）相关的CpG甲基化位点。 表S5：通过使用eQTLGen数据库的表达数量性状位点（eQTL）数据开展SMR分析，将与基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）相关的CpG甲基化位点映射至对应BCC关联基因的结果。 表S6：基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）全基因组关联分析-功能交互（GWAS-FI）网络通路分析结果。 表S7：基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）全基因组关联分析-功能交互（GWAS-FI）网络基因本体生物过程（Gene Ontology Biological Process, GO-Process）分析结果。 表S8：基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）SMR-功能交互（SMR-FI）网络通路分析结果。 表S9：基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）SMR-功能交互（SMR-FI）网络基因本体生物过程（GO-Process）分析结果。 表S10：基于PubMed数据库检索的SMR-HEIDI候选基因生物过程注释结果。 表S11：通过使用基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）及eQTLGen数据库的表达数量性状位点（eQTL）数据开展SMR分析，筛选出的与基底细胞癌（Basal Cell Carcinoma, BCC）相关的基因。 表S12：基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）与eQTLGen数据库的表达数量性状位点（eQTL）数据的皮尔逊相关性分析结果。 本Excel文件共包含11张补充附表，与正文内容相关。