Supplementary Data and Appendix: Niche Flattening in Factory Cultivation of Edible Fungi
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Title: Supplementary Data and Appendix: Niche Flattening in Factory Cultivation of Edible Fungi Description: This deposit contains the complete supplementary materials and empirical data supporting the findings of the associated study on niche flattening and system resilience in factory cultivation of edible fungi. Contents This package includes four components: Enterprise IoT and Production Data (Layer I & II) Minute-level environmental records (temperature, relative humidity, CO₂, illumination) from two Guizhou facilities (Xuerong Bijie, Guiwang Daozhen, 2022–2024) Batch-linked yield and quality records for 510 production batches Audited cross-regional metrics from seven domestic production bases (2016–2024), including capital intensity, energy intensity, water intensity, and biological efficiency Microbiome and Species Distribution Data (Layer III & IV) Processed ASV (amplicon sequence variant) tables from NCBI SRA, covering factory facilities in the Netherlands, Japan, South Korea, and China (168 samples) Functional guild annotations (FUNGuild) and alpha diversity indices Spatially thinned occurrence records (~45,000) for 12 wild edible fungi species from GBIF MaxEnt model outputs and bioclimatic variable sets (WorldClim 2.1) Model Parameters and Diversity Indices Calibrated parameters for the coupled ODE system (10 dynamic parameters with prior ranges and posterior distributions) Environmental Heterogeneity Index (EHI) calculations for factory and natural forest systems Chesson's σ and κ approximations Functional diversity (FD) and functional redundancy index (FRI) for all samples Reproducibility Scripts R scripts for EHI computation (compute_EHI.R) R scripts for ODE simulation and bifurcation analysis (ode_simulation.R) File Structure File Description F1_Data_Environment_Yield.xlsx IoT environmental data, batch yield records, cross-base corporate metrics, MaxEnt occurrences F2_Data_Microbiome.xlsx ASV table, taxonomic assignments, MaxEnt summary F3_Model_Parameters.xlsx ODE parameters, diversity indices (Shannon H, FD, FRI) F4_Scripts_EHI_ODE.zip R scripts for EHI calculation and system dynamics simulation F5_Figures.zip All main figures (Figure 1–4) in TIFF format F6_README.txt Overview and data availability statement Raw Data Availability Raw ITS2 amplicon FASTQ files are available at NCBI SRA under BioProjects: PRJNA1173348 (Netherlands) PRJNA1082792 (Japan) PRJNA1325705 (South Korea) PRJNA1259403 (China) GBIF occurrence records and WorldClim rasters are publicly accessible via standard APIs. Usage Notes All data have been preprocessed and quality-controlled as described in Appendix A of the associated paper. Scripts require R v4.3.2+ with packages: vegan, lme4, deSolve, sensitivity For questions or troubleshooting, please contact the corresponding author. License CC BY 4.0
标题：补充数据与附录：食用菌工厂化栽培中的生态位扁平化 描述： 本数据集包含支撑相关研究发现的完整补充材料与实证数据，该研究聚焦食用菌工厂化栽培中的生态位扁平化与系统韧性。 数据集内容 本数据包包含四个组成部分： 1. 企业物联网与生产数据（第一层与第二层） - 贵州两处设施（毕节雪榕、道真贵旺，2022–2024年）的分钟级环境记录（温度、相对湿度、二氧化碳、光照强度）； - 510个生产批次的关联产量与质量记录； - 7个国内生产基地（2016–2024年）经审核的跨区域指标，包括资本密集度、能源密集度、水密集度与生物效率。 2. 微生物组与物种分布数据（第三层与第四层） - 来自美国国家生物技术信息中心序列读取档案（NCBI SRA）的处理后扩增子序列变异（ASV）表，覆盖荷兰、日本、韩国与中国的工厂化栽培设施（共168份样本）； - 功能类群注释（FUNGuild）与α多样性指数； - 来自全球生物多样性信息设施（GBIF）的12种野生食用菌物种的空间稀疏化出现记录（约45000条）； - 最大熵（MaxEnt）模型输出与生物气候变量集（WorldClim 2.1）。 3. 模型参数与多样性指数 - 耦合常微分方程（ODE）系统的校准参数（10个动态参数，附带先验范围与后验分布）； - 工厂化与天然林系统的环境异质性指数（EHI）计算结果； - 谢松（Chesson）σ与κ近似值； - 所有样本的功能多样性（FD）与功能冗余指数（FRI）。 4. 可复现性脚本 - 用于环境异质性指数计算的R脚本（compute_EHI.R）； - 用于常微分方程模拟与分岔分析的R脚本（ode_simulation.R）。 文件结构 | 文件名称 | 描述 | | --- | --- | | F1_Data_Environment_Yield.xlsx | 物联网环境数据、批次产量记录、跨基地企业指标、最大熵模型出现记录 | | F2_Data_Microbiome.xlsx | 扩增子序列变异表、分类学注释、最大熵模型汇总结果 | | F3_Model_Parameters.xlsx | 常微分方程参数、多样性指数（香农指数H、功能多样性FD、功能冗余指数FRI） | | F4_Scripts_EHI_ODE.zip | 用于环境异质性指数计算与系统动力学模拟的R脚本 | | F5_Figures.zip | 所有主图（图1–4）的标记图像文件格式（TIFF）文件 | | F6_README.txt | 概述与数据可用性声明 | 原始数据可用性 原始ITS2扩增子FASTQ格式文件可在NCBI SRA的以下生物项目中获取： - PRJNA1173348（荷兰） - PRJNA1082792（日本） - PRJNA1325705（韩国） - PRJNA1259403（中国） 全球生物多样性信息设施（GBIF）出现记录与WorldClim栅格数据可通过标准API公开获取。 使用说明 1. 所有数据均已按照相关论文附录A中的描述完成预处理与质量控制； 2. 运行脚本需使用R v4.3.2及以上版本，并依赖以下R包：vegan、lme4、deSolve、sensitivity； 3. 如有疑问或问题排查，请联系通讯作者。 许可协议 CC BY 4.0 知识共享署名4.0国际许可协议
