7T functional MRI finds no evidence for distinct functional subregions in the subthalamic nucleus during a speeded decision-making task

These are the data of ds-02 of the following paper: Miletić, S., Keuken, M. C., Mulder, M. J., Trampel, R., De Hollander, G., & Forstmann, B. U. (2022). 7T functional MRI finds no evidence for distinct functional subregions in the subthalamic nucleus during a speeded decision-making task. Cortex. The directory tree is as follows: . ├── both <---- 3rd-level whole-brain GLM which combines both datasets; FEAT output files and design matrices │ └── glm_level3 │ ├── cope10.gfeat │ ├── cope11.gfeat │ ├── cope12.gfeat │ ├── cope13.gfeat │ ├── cope14.gfeat │ ├── cope15.gfeat │ ├── cope1.gfeat │ ├── cope2.gfeat │ ├── cope3.gfeat │ ├── cope4.gfeat │ ├── cope5.gfeat │ ├── cope6.gfeat │ ├── cope7.gfeat │ ├── cope8.gfeat │ ├── cope9.gfeat │ ├── fsfs │ ├── third_level_design_dmc.con │ ├── third_level_design_dmc_cov.png │ ├── third_level_design_dmc_cov.ppm │ ├── third_level_design_dmc.fsf │ ├── third_level_design_dmc.grp │ ├── third_level_design_dmc.mat │ ├── third_level_design_dmc.png │ └── third_level_design_dmc.ppm └── ds-02 ├── conjunct_masks <---- Conjunction of manually delineated STN masks per subject in MP2RAGEME space │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── extracted_signal <---- fMRI timeseries extracted from individual STN subregions │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── feat_files <---- First (run) & second (subject) level FSL FEAT files │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── fmriprep <---- Output from fmriprep │ ├── dataset_description.json │ ├── desc-aparcaseg_dseg.tsv │ ├── desc-aseg_dseg.tsv │ ├── freesurfer │ ├── logs │ ├── sub-01 │ ├── sub-01.html │ ├── sub-02 │ ├── sub-02.html │ ├── sub-03 │ ├── sub-03.html │ ├── sub-05 │ ├── sub-05.html │ ├── sub-06 │ ├── sub-06.html │ ├── sub-... │ ├── sub-15 │ └── sub-15.html ├── fmriprep_data <---- Input for fmriprep (bidsified "raw" data; "T1w" is masked so background noise doesnt mess up fmriprep, but otherwise unprocessed) │ ├── dataset_description.json │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub... │ ├── sub-15 │ └── task-randomdotmotion_bold.json ├── masks_warped <---- stn (subregions) masks warped to relevant spaces │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── masks_warped_accolla <---- stn (subregions) masks from Accolla et al (2014) warped to relevant spaces │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── MNI_group_space <---- STN mask in group (MNI) space, and the PCA on these masks │ ├── group_stn_l.nii.gz │ ├── group_stn_r.nii.gz │ ├── mean_stnl.nii.gz │ ├── mean_stnr.nii.gz │ ├── stn_l_pca.nii.gz │ └── stn_r_pca.nii.gz └── PCA_segments <---- subject-wise PCA-based STN segments ├── sub-01 ├── sub-02 ├── sub-03 ├── sub-05 ├── sub-... └── sub-15

本数据集对应下述论文中的ds-02数据集：Miletić, S., Keuken, M. C., Mulder, M. J., Trampel, R., De Hollander, G., & Forstmann, B. U. (2022). 7T功能磁共振成像（7T functional MRI）在快速决策任务中未发现丘脑底核（subthalamic nucleus, STN）存在独立功能亚区的证据. 《皮层》（Cortex）. 目录结构如下：. ├── both <---- 整合双数据集的第三级全脑一般线性模型（general linear model, GLM）；FEAT输出文件与设计矩阵 │ └── glm_level3 │ ├── cope10.gfeat │ ├── cope11.gfeat │ ├── cope12.gfeat │ ├── cope13.gfeat │ ├── cope14.gfeat │ ├── cope15.gfeat │ ├── cope1.gfeat │ ├── cope2.gfeat │ ├── cope3.gfeat │ ├── cope4.gfeat │ ├── cope5.gfeat │ ├── cope6.gfeat │ ├── cope7.gfeat │ ├── cope8.gfeat │ ├── cope9.gfeat │ ├── fsfs │ ├── third_level_design_dmc.con │ ├── third_level_design_dmc_cov.png │ ├── third_level_design_dmc_cov.ppm │ ├── third_level_design_dmc.fsf │ ├── third_level_design_dmc.grp │ ├── third_level_design_dmc.mat │ ├── third_level_design_dmc.png │ └── third_level_design_dmc.ppm └── ds-02 ├── conjunct_masks <---- 所有被试在MP2RAGEME空间下手动勾画的丘脑底核掩码的联合掩码 │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── extracted_signal <---- 从单个丘脑底核亚区提取的功能磁共振成像（fMRI）时间序列 │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── feat_files <---- 第一级（任务运行级）与第二级（被试级）FSL FEAT文件 │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── fmriprep <---- fmriprep输出结果 │ ├── dataset_description.json │ ├── desc-aparcaseg_dseg.tsv │ ├── desc-aseg_dseg.tsv │ ├── freesurfer │ ├── logs │ ├── sub-01 │ ├── sub-01.html │ ├── sub-02 │ ├── sub-02.html │ ├── sub-03 │ ├── sub-03.html │ ├── sub-05 │ ├── sub-05.html │ ├── sub-06 │ ├── sub-06.html │ ├── sub-... │ ├── sub-15 │ └── sub-15.html ├── fmriprep_data <---- fmriprep的输入数据（已按照BIDS格式整理的原始数据；T1加权像（T1w）已做掩膜处理以避免背景噪声干扰fmriprep，其余未做预处理） │ ├── dataset_description.json │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ ├── sub-15 │ └── task-randomdotmotion_bold.json ├── masks_warped <---- 已配准至对应空间的丘脑底核亚区掩码 │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── masks_warped_accolla <---- 来自Accolla等人(2014)研究的丘脑底核亚区掩码，已配准至对应空间 │ ├── sub-01 │ ├── sub-02 │ ├── sub-03 │ ├── sub-05 │ ├── sub-... │ └── sub-15 ├── MNI_group_space <---- 群组水平MNI空间下的丘脑底核掩码，以及对这些掩码进行的主成分分析（Principal Component Analysis, PCA）结果 │ ├── group_stn_l.nii.gz │ ├── group_stn_r.nii.gz │ ├── mean_stnl.nii.gz │ ├── mean_stnr.nii.gz │ ├── stn_l_pca.nii.gz │ └── stn_r_pca.nii.gz └── PCA_segments <---- 基于主成分分析得到的单个被试水平丘脑底核分段结果 ├── sub-01 ├── sub-02 ├── sub-03 ├── sub-05 ├── sub-... └── sub-15