Analysis_of_the_promoter_region_of_transcriptional_variants.tab

Este archivo contiene el análisis de promotores de 10916 variantes transcripcionales de genes coexpresados con ZmME3 (Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx) anotados en la versión 5 del genoma, manteniendo el mismo el orden de filas. Corresponde a 7727 filas de Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx con versión 5, y a 8652 IDs génicos con versión 5. El análisis se centra en la identificación de diadas de ABREs a distancias específicas para evaluar una posible corregulación. Las columnas están organizadas de manera detallada e incluyen: identificadores génicos de Z. mays, cantidad de variantes transcripcionales provistas por Ensembl plants, cantidad de variantes transcripcionales distintas en base al resultado provisto por CisAnalyzer, presencia de motivos específicos y la detección de diada de ABREs a distancia específicas. La metodología completa y secuencias de motivos se encuentra en Readme.txt. - - - - - - - - ENGLISH VERSION - - - - - - - - This file contains the promoter analysis of 10,916 transcript variants of genes co-expressed with ZmME3 (Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx), annotated in version 5 of the genome, maintaining the same row order. It corresponds to 7,727 rows from Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx with version 5 and 8,652 gene IDs in version 5.
The analysis focuses on identifying ABRE dyads at specific distances to assess potential co-regulation. The columns are organized in detail and include: Z. mays gene identifiers, the number of transcript variants provided by Ensembl Plants, the number of distinct transcript variants based on the results from CisAnalyzer, the presence of specific motifs, and the detection of ABRE dyads at specific distances.
The complete methodology and motif sequences can be found in Readme.txt.