Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data

This repository contains input files from the synthetic, curated, and processed experimental single-cell gene expression datasets used in BEELINE. New in version 4:1) We are updating the configuration files and directory structure for the BEELINE v1.1 release. 2) PlotSyntheticNetworks.yaml and PlotCuratedNetworks.yaml can be used to recreate Figures 2 and 4, respectively, from the original paper. 3) This version will not work with versions of BEELINE before BEELINE v1.1. Use version 3 of this dataset if you are using code from before 2026/03/13.本仓库包含BEELINE项目中所使用的合成、经整理（curated）以及预处理后的实验型单细胞基因表达数据集的输入文件。 版本4更新内容如下： 1) 针对BEELINE v1.1版本的发布，我们更新了配置文件与目录结构。 2) 可通过PlotSyntheticNetworks.yaml与PlotCuratedNetworks.yaml分别复现原论文中的图2与图4。 3) 本版本仅适配BEELINE v1.1及以上版本，无法与BEELINE v1.1之前的版本兼容。若你使用的是2026年3月13日之前的代码，请使用本数据集的版本3。