Evolution of Topologically Associating Domains in Deuterostomes Enabled the Expansion of Cis-Regulatory Interactions and Regulatory Pleiotropy

This repository contains the following: CTCF binding sites: FIMO output for all species in the study. Ciona intestinalis genome: sequence (.fa), chromosome sizes (.chromsizes) and gene annotation (.gff). Saccoglossus kowalevskii genome: sequence (.fa), chromosome sizes (.chromsizes) and gene annotation (.gff). Orthogroups: output from OrthoFinder v2. HiC files (.mcool): all .mcool files used in the study except for the mouse (4D nucleome ID: 4DNESIZMF58U, 4DNESLUJ3INP, 4DNFI5TWFPOL, 4DNFI9BMR5E1). ChIP-seq for Saccoglossus kowalevskii Cross-validation folds for Saccoglossus kowalevskii and Strongylocentrotus purpuratus. Unfiltered ATAC-seq peaks for Saccoglossus kowalevskii, Nematostella vectensis and Strongylocentrotus purpuratus. Raw Stripenn output for all species in the study. Scripts and Robjects (including scRNA-seq and scATAC-seq data) used to produce figures in the study.本仓库包含以下内容： CTCF结合位点：本研究中所有物种的FIMO输出结果。 肠海鞘（Ciona intestinalis）基因组：序列文件（.fa）、染色体长度文件（.chromsizes）以及基因注释文件（.gff）。 柱头虫（Saccoglossus kowalevskii）基因组：序列文件（.fa）、染色体长度文件（.chromsizes）以及基因注释文件（.gff）。 直系同源组：OrthoFinder v2的输出结果。 Hi-C文件（.mcool）：本研究使用的全部.mcool格式文件，小鼠样本除外（4D核体组ID：4DNESIZMF58U、4DNESLUJ3INP、4DNFI5TWFPOL、4DNFI9BMR5E1）。 柱头虫（Saccoglossus kowalevskii）与紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）的交叉验证折数据集。 柱头虫（Saccoglossus kowalevskii）、海葵（Nematostella vectensis）以及紫海胆（Strongylocentrotus purpuratus）的未过滤转座酶可及性染色质测序（ATAC-seq）峰数据集。 本研究中所有物种的原始Stripenn输出结果。 用于生成本研究所有图表的脚本与R对象（包含单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）数据）。