3-D T1 relaxation time measurements in an equine model of subtle post-traumatic osteoarthritis using MB-SWIFT

This dataset contains Key analysis and plotting scripts, data, and sample images. 3-D T1 relaxation time measurements in equine model of post-traumatic osteoarthritis using MB-SWIFT Journal of Orthopaedic Research | DOI: 10.1002/jor.25629 Swetha Pala (1), Nina Hänninen (1,2), Ali Mohammadi(1), Mohammadhossein Ebrahimi (1,2), Nikae C.R. te Moller(3), Harold Brommer(3), P. René van Weeren (3), Janne T.A. Mäkelä (1), Rami K. Korhonen (1), Isaac O. Afara(1), Juha Töyräs (1,4,5), Santtu Mikkonen (1), Mikko J. Nissi (1*), Olli Nykänen (1,2) 1Department of Applied Physics, University of Eastern Finland <br> 2Research Unit of Medical Imaging, Physics and Technology, University of Oulu<br> 3Department of Clinical Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Utrecht University<br> 4Science Service Center, Kuopio University Hospital, Kuopio, Finland<br> 5School of Information Technology and Electrical Engineering, The University of Queensland <br> *Corresponding author<br> Mikko J. Nissi<br> Department of Technical Physics<br> University of Eastern Finland, Kuopio Finland<br> POB 1627<br> 70211 Kuopio<br> [e-mail]<br> [phone]<br> Running title: ‘3D T1 of mild PTOA using MB-SWIFT’ <br> Keywords: Quantitative MRI, T1 relaxation, equine model, post-traumatic osteoarthritis, proteoglycan content. Included folders and files are:<br> - Article_figures: all figures published in the manuscript (.svg format)<br> - Data: Raw MRI data files per flip angle (phase &amp; magnitude images) from 28 samples and corresponding fitted T1 maps within respective folders. SPSS structured data files used for statistical analysis.<br> - Matlab scripts: Matlab functions used for data processing and T1 computation, aedes plugins, and data analysis with subfolders and files:<br> - aedes_plugins: plugins for aedes (http://aedes.uef.fi) and scripts for calculation of surface visualisations from relaxation time maps and auto-segmented mesh. <br> - Data processing and T1 computation: Scripts for non-linear 3D T1 fitting. <br> - Analysis: Key scripts used for analysis and plotting. - README.txt: this file describing the contents of the dataset. <br> See more info in separate readme files included in sub-folders. <br> (Swetha Pala, 31 May 2023)本数据集包含关键分析与绘图脚本、实验数据以及示例图像。本研究关联论文为《使用MB-SWIFT技术开展马创伤后骨关节炎模型的三维T1弛豫时间测量》，发表于《骨科研究杂志》（Journal of Orthopaedic Research），DOI: 10.1002/jor.25629。 作者列表如下：Swetha Pala(1)、Nina Hänninen(1,2)、Ali Mohammadi(1)、Mohammadhossein Ebrahimi(1,2)、Nikae C.R. te Moller(3)、Harold Brommer(3)、P. René van Weeren(3)、Janne T.A. Mäkelä(1)、Rami K. Korhonen(1)、Isaac O. Afara(1)、Jukka Töyräs(1,4,5)、Santtu Mikkonen(1)、Mikko J. Nissi(1*)、Olli Nykänen(1,2) 作者单位： 1. 东芬兰大学应用物理系 2. 奥卢大学医学影像、物理与技术研究单元 3. 乌得勒支大学兽医学院临床科学系 4. 芬兰库奥皮奥大学医院科学服务中心 5. 昆士兰大学信息技术与电气工程学院 *通讯作者为Mikko J. Nissi，其任职单位变更为东芬兰大学技术物理系，地址为芬兰库奥皮奥邮政信箱1627，邮编70211；联系邮箱：[e-mail]；联系电话：[phone]。 本文运行标题：“使用MB-SWIFT技术开展轻度创伤后骨关节炎的三维T1成像” 关键词：定量磁共振成像（Quantitative MRI）、T1弛豫、马模型、创伤后骨关节炎（post-traumatic osteoarthritis）、蛋白聚糖含量。 本数据集包含的文件夹与文件说明如下： - Article_figures：论文已发表的全部插图，格式为.svg - Data：包含28个样本的各翻转角原始磁共振成像数据文件（相位与幅值图像），对应各样本文件夹内包含拟合得到的T1图；另有用于统计分析的SPSS结构化数据文件。 - Matlab scripts：用于数据处理与T1计算的Matlab函数、aedes插件以及数据分析脚本，包含以下子文件夹与文件： - aedes_plugins：适配aedes（http://aedes.uef.fi）的插件，以及用于从弛豫时间图生成表面可视化结果与自动分割网格的脚本。 - Data processing and T1 computation：用于非线性三维T1拟合的脚本。 - Analysis：用于数据分析与绘图的关键脚本。 - README.txt：本说明文件，用于介绍本数据集的内容。 其余详细信息可查阅各子文件夹内的独立README文件。 本数据集由Swetha Pala于2023年5月31日整理。