SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.<br>Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).<br>Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.为制定新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的防控策略，精准掌握严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的各项特性具有核心意义。在此背景下，病毒的突变发挥着特殊作用。因此，若要成功遏制本次新冠大流行，关键在于全面掌握特定SARS-CoV-2突变株的传播模式，并及早识别新型突变。 为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut, RKI）搭建了覆盖全德境内的分子监测系统。根据《严重急性呼吸综合征冠状病毒2型分子遗传学监测条例》，德国境内所有完成SARS-CoV-2基因组测序的实验室，均有义务向罗伯特·科赫研究所提交测序数据及相关元数据。该数据提交流程的技术实现依托于德国电子测序数据枢纽（Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub, DESH）。 在“OSEDA - 开放测序数据”项目框架下，罗伯特·科赫研究所承诺，将经过整理与质量管控的测序数据，搭配筛选后的临床流行病学数据，通过欧洲核苷酸档案库（European Nucleotide Archive）与全球流感数据共享平台（GISAID）这两个公开数据库，向后续科研项目开放共享。