packer2019.h5ad

Notebook wrangling the data: https://github.com/WormBase/wormcells-notebooks Original studyA lineage-resolved molecular atlas of C. elegans embryogenesis at single-cell resolution Packer, Jonathan S. and Zhu, Qin and Huynh, Chau and Sivaramakrishnan, Priya and Preston, Elicia and Dueck, Hannah and Stefanik, Derek and Tan, Kai and Trapnell, Cole and Kim, Junhyong and Waterston, Robert H. and Murray, John I. Science 20 Sep 2019: Vol. 365, Issue 6459, eaax1971 DOI: 10.1126/science.aax1971 https://science.sciencemag.org/content/365/6459/eaax1971.editor-summary Data description and link89,701 cells profiled with 10xv2 across multiple timepoints of development Data available at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE126954 print(adata) AnnData object with n_obs × n_vars = 20222 × 89701 obs: 'gene_id', 'gene_name' var: 'barcode', 'n_umi', 'time_point', 'batch', 'size_factor', 'cell_type', 'cell_subtype', 'plot_cell_type', 'raw_embryo_time', 'embryo_time', 'embryo_time_bin', 'raw_embryo_time_bin', 'lineage', 'passed_qc', 'experiment' print(adata.var.head(1).T) AnnData object with n_obs × n_vars = 20222 × 89701 obs: 'gene_id', 'gene_name' var: 'barcode', 'n_umi', 'time_point', 'batch', 'size_factor', 'cell_type', 'cell_subtype', 'plot_cell_type', 'raw_embryo_time', 'embryo_time', 'embryo_time_bin', 'raw_embryo_time_bin', 'lineage', 'passed_qc', 'experiment' print(adata.obs.head(1).T) WBGene00010957 gene_id WBGene00010957 gene_name nduo-6

数据处理笔记本：https://github.com/WormBase/wormcells-notebooks

### 原始研究：单细胞分辨率下的秀丽隐杆线虫（C. elegans）胚胎发生谱系解析分子图谱
作者：Packer Jonathan S.、Zhu Qin、Huynh Chau、Sivaramakrishnan Priya、Preston Elicia、Dueck Hannah、Stefanik Derek、Tan Kai、Trapnell Cole、Kim Junhyong、Waterston Robert H.、Murray John I.
发表期刊：《科学（Science）》，2019年9月20日，第365卷，第6459期，文章编号eaax1971，DOI: 10.1126/science.aax1971
原文链接：https://science.sciencemag.org/content/365/6459/eaax1971.editor-summary

#### 数据说明与获取链接
本研究采用10xv2单细胞测序技术，覆盖多个发育时间点，共对89701个细胞进行了转录组表征分析。
数据集可于美国国家生物技术信息中心（NCBI）基因表达综合数据库（GEO）获取，登录编号GSE126954：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE126954

python
print(adata)

AnnData 对象，观测数（n_obs）× 变量数（n_vars）= 20222 × 89701
观测矩阵（obs）字段：'gene_id'、'gene_name'
变量矩阵（var）字段：'barcode'、'n_umi'、'time_point'、'batch'、'size_factor'、'cell_type'、'cell_subtype'、'plot_cell_type'、'raw_embryo_time'、'embryo_time'、'embryo_time_bin'、'raw_embryo_time_bin'、'lineage'、'passed_qc'、'experiment'

python
print(adata.var.head(1).T)

AnnData 对象，观测数（n_obs）× 变量数（n_vars）= 20222 × 89701
观测矩阵（obs）字段：'gene_id'、'gene_name'
变量矩阵（var）字段：'barcode'、'n_umi'、'time_point'、'batch'、'size_factor'、'cell_type'、'cell_subtype'、'plot_cell_type'、'raw_embryo_time'、'embryo_time'、'embryo_time_bin'、'raw_embryo_time_bin'、'lineage'、'passed_qc'、'experiment'

python
print(adata.obs.head(1).T)

gene_id WBGene00010957
gene_name nduo-6