Semi-simulated TF pertubation in ATAC-seq datasets (Pertubation strength)

Semi-simulated ATAC-seq data with TF pertubations of different pertubation strength. The three .tar-files contain: DTFAB_sim_es_beds.tar.gz: .bed files of the semi-simulated ATAC-seq fragments DTFAB_sim_cm.tar.gz: count matrices (per peak counts of semi-simulated fragments) DTFAB_sim_peaks.tar.gz: .bed files with ATAC-seq peak coordinates of semi-simulated fragments The folder structure of 1.,2. & 3. is of the following format <tf>_<pertubation paradigm>_<pertubation_strength>. The corresponding files without any pertubation introduced can be found under data_baseline (peaks in peaks/merged_peaks.narrowPeak). The original samples were retrieved from ENCODE with following IDs: ENCFF495DQP, ENCFF130DND, ENCFF447ZRG, ENCFF966ELR, ENCFF358GWK, ENCFF963YZH. ChIP-seq peaks used to introduce perturbations correspond to following ENCODE identifiers: ENCFF156OCY, ENCFF592UDD, ENCFF250FJC, ENCFF500EWB. This semi-simulated datasets is belongs to a series of datasets: Dataset Description DOI I. pertubation strength (this) TF pertubation with different strengths, no biases introduced 10.5281/zenodo.10732704 II. pos control TF pertubation only introduced in (ChIP-) peaks with a motif of the respective TF. 10.5281/zenodo.10781849 III. fld TF pertubation with additionally introduced fragment length distribution bias 10.5281/zenodo.10781109 IV. gc TF pertubation with additionally introduced GC content bias 10.5281/zenodo.10781759

本数据集为携带不同扰动强度转录因子（Transcription Factor，TF）扰动的半模拟ATAC-seq数据。
本数据集包含三个.tar格式压缩包，具体内容如下：
- DTFAB_sim_es_beds.tar.gz：包含半模拟ATAC-seq片段的.bed格式文件；
- DTFAB_sim_cm.tar.gz：包含半模拟片段的计数矩阵（即每个染色质峰的片段计数）；
- DTFAB_sim_peaks.tar.gz：包含半模拟片段对应的ATAC-seq峰坐标的.bed格式文件。
上述三类文件的文件夹命名均遵循如下格式：<转录因子名称>_<扰动模式>_<扰动强度>。
未引入任何扰动的基准对照文件可于data_baseline路径下获取，其中峰文件位于peaks/merged_peaks.narrowPeak。
本数据集的原始样本源自ENCODE数据库，对应的样本标识符为：ENCFF495DQP、ENCFF130DND、ENCFF447ZRG、ENCFF966ELR、ENCFF358GWK、ENCFF963YZH。
用于引入扰动的ChIP-seq峰对应的ENCODE标识符为：ENCFF156OCY、ENCFF592UDD、ENCFF250FJC、ENCFF500EWB。
本半模拟数据集属于一系列配套数据集的一部分，各子系列信息如下：
I. 扰动强度系列（本数据集）：包含不同强度的转录因子扰动，未引入任何实验偏倚，DOI：10.5281/zenodo.10732704
II. 阳性对照系列：仅在携带对应转录因子基序的（ChIP-seq）峰区域引入转录因子扰动，DOI：10.5281/zenodo.10781849
III. 片段长度分布偏倚系列：在转录因子扰动基础上，额外引入片段长度分布偏倚，DOI：10.5281/zenodo.10781109
IV. GC含量偏倚系列：在转录因子扰动基础上，额外引入GC含量偏倚，DOI：10.5281/zenodo.10781759