Simulation Cer160_50_Popc_512_Tm3_10_5Up_5Down_Nacl_150Mm_310K (Rep2)
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<strong>Title publication: </strong><em>A Ceramide-Regulated Element in the Late Endosomal Protein LAPTM4B Controls Amino Acid Transporter Interaction</em> <strong><strong>Year publication:</strong></strong><strong> </strong>2018 <strong>DOI publication:</strong> XXXXX <strong>Description:</strong> Simulation POPC membrane containing ~8 mol% ceramide (CER160) and ten LAPTM4B-TM3 peptides using charmm36 at 310K. <strong>MD engine:</strong> Gromacs 2016.2-dev-20170105-4feb0be <strong>Force field</strong>: charmm36 <strong>Temperature</strong>: 310 K <strong>Pressure:</strong> 1 bar <strong>Simulation time</strong>: 2971 ns <strong>Saving frequency</strong>: 100 ps <strong>Molecular content</strong>:<br> TM3 10<br> POPC 512<br> CER160 50<br> SOL 28090<br> NA 85<br> CL 75 <strong>Additional </strong><strong>information</strong>:<br> * Membrane containing LAPTM4B TM3 peptides.
<strong>论文发表标题：</strong><em>晚期内体蛋白LAPTM4B内的神经酰胺调控元件调控氨基酸转运体相互作用</em><br><strong>发表年份：</strong>2018<br><strong>论文DOI：</strong>XXXXX<br><strong>数据集描述：</strong>采用charmm36力场，在310K条件下，对包含约8摩尔百分比神经酰胺（CER160）与10条LAPTM4B-TM3肽段的1-棕榈酰基-2-油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）膜体系开展分子动力学模拟。<br><strong>分子动力学模拟引擎：</strong>Gromacs 2016.2-dev-20170105-4feb0be<br><strong>力场：</strong>charmm36<br><strong>温度：</strong>310开尔文（K）<br><strong>压力：</strong>1巴（bar）<br><strong>模拟时长：</strong>2971纳秒（ns）<br><strong>数据保存频率：</strong>100皮秒（ps）<br><strong>体系分子组成：</strong><br>LAPTM4B-TM3肽段：10条<br>1-棕榈酰基-2-油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）：512个<br>神经酰胺（CER160）：50个<br>溶剂分子（SOL）：28090个<br>钠离子（Na⁺）：85个<br>氯离子（Cl⁻）：75个<br><strong>补充信息：</strong><br> * 包含LAPTM4B-TM3肽段的膜体系。
