SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.<br>Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).<br>Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.在制定新冠疫情（COVID-19）防控策略时，精准解析新冠病毒（SARS-CoV-2）的生物学特性具有核心意义。其中，病毒突变在此环节扮演着关键角色。因此，若要成功遏制新冠大流行，亟需全面掌握特定SARS-CoV-2突变株的传播模式，并及早识别新型突变。<br>为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut）搭建了覆盖全德国的分子监测体系。依据《新冠病毒SARS-CoV-2分子遗传学监测条例》，德国境内所有开展SARS-CoV-2基因组测序的实验室，均需向罗伯特·科赫研究所提交测序序列及相关元数据（metadata）。该数据报送的技术渠道为德国电子序列数据枢纽（Deutsches Elektronischen Sequenzdaten-Hub，简称DESH）。<br>在“OSEDA——开放序列数据”项目框架下，罗伯特·科赫研究所承诺，将经过整理与质量管控的测序序列数据，结合筛选后的临床流行病学数据集，通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive，简称ENA）与全球流感序列数据共享平台（Global Initiative on Sharing All Influenza Data，简称GISAID）这两个公开可访问的数据库，面向其他科研项目开放共享。