MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 500 mM CaCl2 part 2
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MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 500 mM CaCl<sub>2</sub> part 2 Dataset contains trajectories (_trj) for the last 500ns of the 1000ns trajectory and topology (-out.cms). For the ease of the upload, trajectory files (_trj) are divided to 100ns pieces and tarred (named desmond_md_cacl500_x-xns.tar.gz). Dataset also contains Gromacs converted trajectories for the last 500 ns of 1000 ns, and are as 100 ns pieces for analysis since simulation did not equilibrate during 1000 ns. System: POPC bilayer in water Number of lipids: 200 (100/leaflet) Number of waters: 8880 Salt: CaCl<sub>2</sub> Concentration: 500 mM Number of cations: 80 Simulation time: 1000 ns (in this dataset 500-1000ns) Simulation engine: Desmond 2019-4 Temperature: 300 K Related dataset: MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 500 mM CaCl<sub>2</sub> part 1
本数据集为基于OPLS3e力场的棕榈酰油酰磷脂酰胆碱（POPC）双层膜分子动力学（MD）模拟数据集（500 mM氯化钙体系，第二部分），包含1000 ns模拟轨迹中最后500 ns的轨迹文件（_trj）与拓扑文件（-out.cms）。为便于上传，轨迹文件（_trj）被拆分为100 ns分段并打包为tar.gz压缩包，命名为desmond_md_cacl500_x-xns.tar.gz。 本数据集还包含经格罗马克斯（Gromacs）转换的1000 ns模拟最后500 ns的轨迹文件，同样拆分为100 ns分段以用于分析，原因是整个1000 ns模拟过程未达到平衡态。 体系详情如下： 模拟体系：水中的POPC双层膜 脂质总数：200个（上下单层各100个） 水分子数：8880个 盐种类：氯化钙（CaCl₂） 盐浓度：500 mM 阳离子数量：80个 模拟总时长：1000 ns（本数据集涵盖500-1000 ns区间） 模拟引擎：德斯蒙德（Desmond）2019-4 模拟温度：300 K 相关数据集：基于OPLS3e力场的POPC双层膜分子动力学模拟（500 mM氯化钙体系，第一部分）
