Data from: Phylogenomic analyses clarify the pattern of evolution of Adephaga (Coleoptera) and highlight phylogenetic artefacts due to model misspecification and excessive data trimming
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Supplementary data to the research article: Phylogenomic analyses clarify the pattern of evolution of Adephaga (Coleoptera) and highlight phylogenetic artefacts due to model misspecification and excessive data trimming Authors: Alexandros Vasilikopoulos, Michael Balke, Sandra Kukowka, James M. Pflug, Sebastian Martin, Karen Meusemann, Lars Hendrich, Christoph Mayer, David R. Maddison, Oliver Niehuis, Rolf G. Beutel, Bernhard Misof The following directories are included: 01.Ortholog_set Description: Ortholog set used for bait design in this study (the format is intended for use in the software package Orthograph) 02.Bait_sequences DescriptionThis folder includes (a) the file with the bait nucleotide sequences, (b) a dictionary of the gene IDs of Tribolium castaneum and corresponding OrthoDB IDs of genes used for target enrichment and (c) a file with the IDs of the targeted exons (based on annotation of T. castaneum v. 5.2 in the form GENEID_X_Y, where X: the number of exon targeted and Y: the total number of exons for that gene) 03.Clean_assemblies_hybrid_enrichment_data Description: Assemblies of the hybrid-enrichment genomic data after removal of putative cross-contaminations 04.Alignments_before_Aliscore Description: Amino-acid and nucleotide alignments before trimming with Aliscore 05.Supermatrices Description: All inferred and analyzed supermatrices 06.Treefiles_supermatrices Description: All phylogenetic trees inferred from analyses of supermatrices (best trees for maximum likelihood analyses) 07.Filtered_datasets_coalescent_analyses Description: All analyzed amino-acid alignments used in summary coalescent phylogenetic analyses (filtered alignments) 08.Gene trees_non-collapsed Description: All inferred gene trees used as input in summary coalescent analyses (before collapsing weakly supported nodes) 09.Treefiles_coalescent_analyses Description: All inferred species trees resulted from summary coalescent phylogenetic analyses 10.Custom_scripts Description: Custom scripts used in the study
本研究配套数据集对应学术论文：《系统基因组学分析阐明鞘翅目步行亚目（Adephaga）的演化模式，并揭示因模型设定偏误与过度数据修剪引发的系统发育假象》 作者：Alexandros Vasilikopoulos、Michael Balke、Sandra Kukowka、James M. Pflug、Sebastian Martin、Karen Meusemann、Lars Hendrich、Christoph Mayer、David R. Maddison、Oliver Niehuis、Rolf G. Beutel、Bernhard Misof 本数据集包含以下目录： 01. 直系同源基因集（Ortholog_set） 描述：本研究中用于诱饵设计的直系同源基因集，文件格式适配软件包Orthograph 02. 诱饵序列集（Bait_sequences） 描述：该文件夹包含：(a) 诱饵核苷酸序列文件；(b) 赤拟谷盗（Tribolium castaneum）基因ID与用于靶标富集的基因对应的直系同源数据库（OrthoDB）ID映射字典；(c) 靶向外显子ID文件（基于赤拟谷盗v5.2版本的注释，格式为GENEID_X_Y，其中X为靶向外显子编号，Y为该基因的总外显子数） 03. 杂交富集数据清理组装结果（Clean_assemblies_hybrid_enrichment_data） 描述：经移除疑似交叉污染后得到的杂交富集基因组数据组装结果 04. Aliscore修剪前联配序列（Alignments_before_Aliscore） 描述：使用Aliscore工具完成修剪前的氨基酸联配序列与核苷酸联配序列 05. 超级矩阵数据集（Supermatrices） 描述：所有经推断与分析的超级矩阵 06. 超级矩阵分析系统发育树文件（Treefiles_supermatrices） 描述：所有基于超级矩阵分析推断得到的系统发育树（最大似然分析的最优树） 07. 溯祖分析过滤数据集（Filtered_datasets_coalescent_analyses） 描述：所有用于汇总式溯祖系统发育分析的经过滤氨基酸联配序列数据集 08. 未折叠基因树（Gene_trees_non-collapsed） 描述：所有作为汇总式溯祖分析输入的推断基因树（未折叠支持度较低的节点） 09. 溯祖分析物种树文件（Treefiles_coalescent_analyses） 描述：所有基于汇总式溯祖系统发育分析得到的推断物种树 10. 自定义脚本集（Custom_scripts） 描述：本研究中使用的自定义脚本
