Additional file 2 of Shared genetic architecture between autoimmune disorders and B-cell acute lymphoblastic leukemia: insights from large-scale genome-wide cross-trait analysis

Additional file 2: Table S1. Data sources. Table S2. Genetic correlation analysis conducted by LDSC and HDL. Table S3. Shared pleiotropic loci identified by PLACO. Table S4. Shared pleiotropic loci among different trait pairs. Table S5. MAGMA Gene-set analysis. Table S6. MAGMA tissue-specific analysis. Table S7. MAGMA gene analysis. Table S8. Information of pleiotropy genes identified by MAGMA. Table S9. Expression value of pleiotropy genes identified by MAGMA in different tissues from GTEx. Table S10. Tissue-specific enrichment of pleiotropy genes identified by MAGMA in different tissues from GTEx. Table S11. S-LDSC cell-type heritability enrichment analysis. Table S12. Multi-trait colocalization analysis highlighted key role of immune cells (PP>0.7). Table S13. Bi-direction MR analysis and sensitive analysis. Table S14. Bi-direction MR analysis and sensitive analysis. Table S15. Identified loci reported in previous GWAS analysis for ALL and AD.附加文件2：表S1 数据来源。 表S2 基于连锁不平衡得分回归（Linkage Disequilibrium Score Regression, LDSC）方法，针对高密度脂蛋白（High-Density Lipoprotein, HDL）开展的遗传相关分析。 表S3 经PLACO鉴定的共享多效性位点。 表S4 不同性状对间的共享多效性位点。 表S5 多标记基因组注释分析（Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation, MAGMA）基因集分析。 表S6 MAGMA组织特异性分析。 表S7 MAGMA基因分析。 表S8 经MAGMA鉴定的多效性基因信息。 表S9 来自基因型组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）数据库不同组织中，经MAGMA鉴定的多效性基因的表达量。 表S10 来自GTEx数据库不同组织中，经MAGMA鉴定的多效性基因的组织特异性富集分析结果。 表S11 分层连锁不平衡得分回归（S-LDSC）细胞类型遗传力富集分析。 表S12 多性状共定位分析揭示免疫细胞的关键调控作用（后验概率PP>0.7）。 表S13 双向孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）分析与敏感性分析。 表S14 双向孟德尔随机化分析与敏感性分析。 表S15 既往针对急性淋巴细胞白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia, ALL）与阿尔茨海默病（Alzheimer Disease, AD）开展的全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）中报道的已鉴定位点。