Deecker_Shayna_R_202211_PhD_datatables

Much of the data used to conduct the bioinformatic analyses in Chapter 3 of my PhD thesis consists of large tables that are unsuitable for the thesis format. They are available here under the filename: Deecker_Shayna_R_202211_PhD_datatables.xlsx. The contents of the tables are as follows: Table S1: The Legionella pneumophila isolates used in this study. Table S2: The hits for each L. pneumophila spacer from metagenomic sequences. Table S3: The hits for each L. pneumophila spacer in complete and/or draft genomes. Table S4: The accession numbers and Microviridae subfamily classifications for the major capsid phylogeny tree. Table S5: The mobile elements predicted by both PhiSpy and VirSorter. Table S6: Orthologous groups for LME-1 and their predicted function by BLASTp against the viral database (taxid:10239) and by HHpred against the Uniprot SwissProt viral database (Uniprot-SwissProt-versio-70_23_aug_2020) with a probability cutoff of >70%. Table S7: List of CRISPR-Cas spacers from all examined L. pneumophila isolates.

本博士论文第三章开展生物信息学分析所使用的绝大多数数据均为大型表格，不适用于论文排版格式。相关数据可通过以下文件名获取：Deecker_Shayna_R_202211_PhD_datatables.xlsx。各表格内容如下：
表S1：本研究使用的嗜肺军团菌（Legionella pneumophila）分离株。
表S2：宏基因组序列中各嗜肺军团菌间隔序列的匹配结果。
表S3：完整基因组和/或草图基因组中各嗜肺军团菌间隔序列的匹配结果。
表S4：用于主要衣壳蛋白系统发育树的序列登录号及微病毒科（Microviridae）亚家族分类信息。
表S5：经PhiSpy与VirSorter共同预测得到的可移动遗传元件。
表S6：LME-1的直系同源群及其预测功能：通过BLASTp比对至病毒数据库（分类学ID：10239），以及通过HHpred比对至Uniprot SwissProt病毒数据库（Uniprot-SwissProt-versio-70_23_aug_2020），设定概率阈值>70%。
表S7：所有受试嗜肺军团菌分离株的CRISPR-Cas间隔序列列表。