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Supplementary data for: Evolutionary rates of nuclear and organellar genomes are linked in land plants

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Zenodo2025-06-18 更新2026-05-26 收录
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Supplementary data for: Evolutionary rates of nuclear and organellar genomes are linked in land plants. Main Supplementary Files.zip: Alignments, tree topologies, maximum-likelihood and Bayesian trees, and output log files from analyses. All empirical analyses from main text included (mosses, ferns, gymnosperms, and angiosperms). SI Simulation Study Files.zip: Phylograms, synthetic data sets, BEAST2 XML files, maximum-likelihood and Bayesian trees, and results for tests for correlations for all simulation conditions. SI Saturation Tests.zip: Results of saturation tests using PhyloMAd (Dûchene et al. 2018). SI Sub-Sampling Files.zip: Alignments, tree topologies, maximum-likelihood and Bayesian trees, and output log files from sub-sampling angiosperms. Full details of methods and results provided in SI.

配套补充数据:《陆地植物细胞核与细胞器基因组的进化速率存在关联》 主补充文件压缩包(Main Supplementary Files.zip):包含序列比对结果、系统发育树拓扑结构、最大似然树、贝叶斯树以及各类分析的输出日志文件,涵盖正文提及的全部实证分析对象,即苔藓类、蕨类、裸子植物与被子植物。 模拟研究补充文件压缩包(SI Simulation Study Files.zip):包含系统发育树图、合成数据集、BEAST2 XML文件、最大似然树、贝叶斯树,以及所有模拟条件下相关性检验的结果。 饱和度检验补充文件压缩包(SI Saturation Tests.zip):包含使用PhyloMAd(Dûchene等人,2018)开展的饱和度检验结果。 亚采样补充文件压缩包(SI Sub-Sampling Files.zip):包含被子植物亚采样分析的序列比对、系统发育树拓扑结构、最大似然树、贝叶斯树以及输出日志文件。方法与结果的完整细节详见补充材料(SI)。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-06-18
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