LD matrices for 1000 genomes phase 1 files for EUR and YRI

Pairwise LD values &gt;=0.8 are stored for SNPs from the Phase1 1000 Genomes panel Format:<br> chr_snp1<br> start_snp1<br> end_snp1<br> rsid_snp1<br> chr_snp2<br> start_snp2<br> end_snp2<br> rsid_snp2<br> r^2<br> (D' provided in some files) EUR_hap.txt<br> from Pouya Kheradpour (Kellis Lab)<br> phase1 of 1000 genomes<br> computed by phased haplotype (preferable)<br> hg19 EUR_geno.txt<br> from Alicia Martin (Bustamante Lab)<br> phase 1 of 1000 genomes<br> computed by genotype<br> hg19 YRI_geno.txt<br> YRI LD from Alicia Martin (Bustamante Lab)<br> phase 1 of 1000 genomes<br> computed by genotype<br> hg19<br>本数据集存储了千人基因组计划第一期（1000 Genomes Phase1）参考面板中单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）之间的成对连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）值≥0.8的相关信息。数据格式如下： SNP1的染色体编号 SNP1的起始位置 SNP1的终止位置 SNP1的rsID编号 SNP2的染色体编号 SNP2的起始位置 SNP2的终止位置 SNP2的rsID编号 r²值 （部分文件中会提供D'值） EUR_hap.txt：由凯利斯实验室（Kellis Lab）的普亚·赫拉德普尔（Pouya Kheradpour）提供，基于千人基因组计划第一期数据，通过相位化单倍型计算得到（该计算方式为推荐首选），参考基因组版本为hg19。 EUR_geno.txt：由布斯塔曼特实验室（Bustamante Lab）的艾丽西亚·马丁（Alicia Martin）提供，基于千人基因组计划第一期数据，通过基因型数据计算得到，参考基因组版本为hg19。 YRI_geno.txt：由布斯塔曼特实验室（Bustamante Lab）的艾丽西亚·马丁（Alicia Martin）提供，包含尤鲁巴人群（Yoruba, YRI）的连锁不平衡数据，基于千人基因组计划第一期数据，通过基因型数据计算得到，参考基因组版本为hg19。