SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.<br>Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).<br>Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.在制定新冠疫情防控措施时，精准掌握新冠病毒（SARS-CoV-2）的各项特性具有核心意义。在此背景下，病毒的突变发挥着尤为关键的作用。因此，若要成功遏制新冠大流行，关键在于全面掌握特定SARS-CoV-2突变体的传播模式，并及早发现新型突变。<br>为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut，缩写RKI）搭建了覆盖全德的分子监测系统。根据《新冠病毒SARS-CoV-2分子遗传学监测条例》，德国境内所有开展SARS-CoV-2基因测序的实验室，均需向该研究所提交其测序得到的病毒序列及配套元数据(Metadata)。从技术层面而言，该数据提交流程依托于德国电子序列数据枢纽（Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub，缩写DESH）完成。<br>在"OSEDA - 开放序列数据"项目中，RKI承诺，将经过整理与质量管控的病毒序列数据，搭配筛选后的临床流行病学数据，通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive）与全球流感数据共享平台（GISAID）的公开存储库，面向其他科研项目开放共享。