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MD simulation trajectory and related files for POPC/cholesterol (7 mol%) bilayer (Berger model delivered by Tieleman, modified Höltje, Gromacs 4.5)

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Zenodo2021-03-29 更新2026-05-25 收录
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资源简介:

Equilibrated POPC lipid bilayer simulation ran with Gromacs 4.5, Berger force field delivered by Peter Tieleman (http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads), Modified Höltje model for cholesterol (http://dx.doi.org/10.1016/S0005-2736(01)00270-X), 50ns, T=298K, 120 POPC molecules, 7290 water molecules, 8 cholesterol molecules. This data is used in http://dx.doi.org/10.1039/C2CP42738A and in the nmrlipids.blospot.fi project. More details from nmrlipids.blospot.fi. If data is used, please cite [Ferreira et al. <em>Phys. Chem. Chem. Phys.</em>, 2013,15, 1976-1989], the nmrlipids.blogspot.fi project and the original publication related to the force field.

本数据集为采用Gromacs 4.5软件运行的经平衡1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱(POPC)脂质双层模拟体系,其所用Berger力场由Peter Tieleman提供(来源网址:http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads);体系中胆固醇分子采用修饰型Höltje模型(DOI: 10.1016/S0005-2736(01)00270-X)。模拟总时长为50纳秒,模拟温度设定为298K,体系包含120个POPC分子、7290个水分子与8个胆固醇分子。该数据集已被应用于DOI为10.1039/C2CP42738A的研究成果及nmrlipids.blospot.fi项目中,更多详细信息可访问nmrlipids.blospot.fi网站获取。若使用本数据集,请引用Ferreira等人发表于*Phys. Chem. Chem. Phys.*(2013年,第15卷,第1976-1989页)的论文、nmrlipids.blogspot.fi项目以及与该力场相关的原始研究文献。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2021-03-29
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