rCRUX Generated MiFish Universal 12S Reference Database

rCRUX generated reference database using NCBI nt blast database downloaded in December 2022. Primer Name: MiFish Universal<br> Gene: 12S<br> Length of Target: 163–185<br> get_seeds_local() minimum length: 170<br> get_seeds_local() maximum length: 250<br> blast_seeds() minimum length: 140<br> blast_seeds() maximum length: 250<br> max_to_blast: 1000<br> Forward Sequence (5'-3'): GTGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC<br> Reverse Sequence (5'-3'): CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG<br> Reference: Miya, M., Sato, Y., Fukunaga, T., Sado, T., Poulsen, J. Y., Sato, K., ... &amp; Kondoh, M. (2015). MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species. Royal Society open science, 2(7), 150088. https://doi.org/10.1098/rsos.150088 We chose default rCRUX parameters for <em>get_blast_seeds</em>() of percent coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, and max number of blast alignments = '100000000' and for <em>blast_seeds</em>() of coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, rank of genus, and max number of blast alignments = '10000000'.本参考数据库由rCRUX工具基于2022年12月下载的NCBI nt（核苷酸）BLAST数据库构建而成。<br>引物名称：MiFish通用引物<br>靶基因：12S<br>靶片段长度范围：163–185<br>get_seeds_local()函数最小长度阈值：170<br>get_seeds_local()函数最大长度阈值：250<br>blast_seeds()函数最小长度阈值：140<br>blast_seeds()函数最大长度阈值：250<br>单次BLAST最大比对序列数max_to_blast：1000<br>正向引物序列（5'→3'）：GTGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC<br>反向引物序列（5'→3'）：CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG<br>参考文献：Miya M、Sato Y、Fukunaga T、Sado T、Poulsen JY、Sato K等与Kondoh M合著的2015年研究论文《MiFish：一套用于鱼类环境DNA宏条形码分析的通用PCR引物：可检测230余种亚热带海洋物种》，刊载于*Royal Society Open Science*（《英国皇家学会开放科学》）第2卷第7期，文章编号150088，DOI：10.1098/rsos.150088<br>本研究为*get_blast_seeds*()函数设置了默认参数：序列覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7，最大BLAST比对数为100000000；同时为*blast_seeds*()函数设置默认参数：覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7、分类阶元按属级排序，最大BLAST比对数为10000000。