Manual organelle segmentations (crop376) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse liver acinus (jrc_mus-liver-zon-2)

<b>This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation Challenge</b><b>Challenge DOI:</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966<b>Challenge Website:</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/<b>Annotation description</b>: Dense segmentations of mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, lysosome lumen, lysosome membrane, endosome lumen, cytosol, lysosome, endosome, vesicle, peroxisome membrane, lipid droplet, peroxisome, peroxisome lumen, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective in jrc_mus-liver-zon-2 using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.<b>Annotation ID</b>: crop376<b>Primary Annotator</b>: Jacquelyn Price<b>Annotation protocol</b>: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)<b>Software</b>: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom<b>Annotated voxel size (nm)</b>: 4 x 4 x 4 (x, y, z)<b>Annotated data dimensions (µm)</b>: 1.6 x 1.6 x 1.6 (x, y, z)<b>Annotated data offset (nm)</b>: 46398 x 134158 x 277598 (x, y, z)<b>Classes annotated</b>: mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, lysosome lumen, lysosome membrane, endosome lumen, cytosol, lysosome, endosome, vesicle, peroxisome membrane, lipid droplet, peroxisome, peroxisome lumen, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective<b>Dataset URL</b>: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-zon-2/jrc_mus-liver-zon-2.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop376<b>Source (EM) dataset ID</b>: jrc_mus-liver-zon-2<b>Source (EM) voxel size (nm)</b>: 8 x 8 x 8 (x, y, z)<b>Source (EM) data dimensions (µm)</b>: 210 x 155.73 x 426.69 (x, y, z)<b>Source (EM) DOI</b>: https://doi.org/10.25378/janelia.24135486<b>Visualization website</b>: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-zon-2<b>Publication:</b> <i>CellMap Segmentation Challenge,</i> 2024.<b>The CellMap Project Team during this time consisted of:</b> David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.<b>The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of:</b> Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

**本数据集隶属于CellMap 2024分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）**
**挑战赛DOI**：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
**挑战赛官网**：https://cellmapchallenge.janelia.org/
**标注说明**：使用Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom及《使用Amira在体电子显微镜（vEM）图像中手动分割机器学习适配细胞器 V.3》标注协议，对jrc_mus-liver-zon-2样本中的以下结构完成密集分割：线粒体膜、线粒体腔、囊泡膜、内体膜、囊泡腔、线粒体核糖体、内质网腔、内质网膜、脂滴腔、脂滴膜、溶酶体腔、溶酶体膜、内体腔、胞质溶胶、溶酶体、内体、囊泡、过氧化物酶体膜、脂滴、过氧化物酶体、过氧化物酶体腔、线粒体、内质网、细胞、内质网膜集合体
**标注ID**：crop376
**主要标注者**：杰奎琳·普莱斯（Jacquelyn Price）
**标注协议**：《使用Amira在体电子显微镜（vEM）图像中手动分割机器学习适配细胞器 V.3》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）
**所用软件**：Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom
**标注体素尺寸（nm）**：4 × 4 × 4（x、y、z轴）
**标注数据维度（µm）**：1.6 × 1.6 × 1.6（x、y、z轴）
**标注数据偏移量（nm）**：46398 × 134158 × 277598（x、y、z轴）
**标注类别**：线粒体膜、线粒体腔、囊泡膜、内体膜、囊泡腔、线粒体核糖体、内质网腔、内质网膜、脂滴腔、脂滴膜、溶酶体腔、溶酶体膜、内体腔、胞质溶胶、溶酶体、内体、囊泡、过氧化物酶体膜、脂滴、过氧化物酶体、过氧化物酶体腔、线粒体、内质网、细胞、内质网膜集合体
**数据集URL**：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-zon-2/jrc_mus-liver-zon-2.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop376
**原始电子显微镜数据集ID**：jrc_mus-liver-zon-2
**原始电子显微镜体素尺寸（nm）**：8 × 8 × 8（x、y、z轴）
**原始电子显微镜数据维度（µm）**：210 × 155.73 × 426.69（x、y、z轴）
**原始电子显微镜DOI**：https://doi.org/10.25378/janelia.24135486
**可视化官网**：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-zon-2
**相关出版物**：《CellMap Segmentation Challenge》，2024年
**此阶段CellMap项目团队成员包括**：大卫·阿克曼（David Ackerman）、戴维斯·贝内特（Davis Bennett）、马利·布莱恩特（Marley Bryant）、汉娜·阮（Hannah Nguyen）、格蕾丝·帕克（Grace Park）、艾莉森·佩图恩西奥（Alyson Petruncio）、阿兰娜·波斯特（Alannah Post）、杰奎琳·普莱斯（Jacquelyn Price）、戴安娜·拉米雷斯（Diana Ramirez）、杰夫·罗兹（Jeff Rhoades）、丽贝卡·沃里莫（Rebecca Vorimo）、奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）、马万·宗基希（Marwan Zouinkhi）、尤里·祖博夫（Yurii Zubov）
**此阶段CellMap项目指导委员会成员包括**：米沙·阿伦斯（Misha Ahrens）、克里斯托弗·贝克（Christopher Beck）、郑腾良（Teng-Leong Chew）、丹尼尔·费利西亚诺（Daniel Feliciano）、扬·丰克（Jan Funke）、哈拉尔德·赫斯（Harald Hess）、怀亚特·科夫（Wyatt Korff）、珍妮弗·利平科特-施瓦茨（Jennifer Lippincott-Schwartz）、刘哲（Zhe J. Liu）、卡文·佩德姆（Kayvon Pedram）、斯蒂芬·普赖比斯奇（Stephan Preibisch）、斯蒂芬·萨尔费尔德（Stephan Saalfeld）、罗纳德·瓦尔（Ronald Vale）以及奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）