Vaginal microbiota communities identified by clustering techniques in 17 articles.
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qPCR = quantitative polymerase chain reaction.1Includes direct sequencing (next generation sequencing) of DNA extracted from vaginal samples (10), sequencing of culture colonies (2), fingerprinting (3), and qPCR (2); the 5 studies using DNA hybridisation techniques did not employ data clustering and this technique is therefore not represented in this table.2One qPCR study only assessed L. iners and the other qPCR study did not find clusters dominated by just one Lactobacillus species.3Other than Lactobacillus spp., the 25 most abundant taxa in the 10 direct sequencing studies consistently (in at least 50% of studies) include: Phylum Actinobacteria: G. vaginalis, A. vaginae, Eggerthella spp., Mobiluncus spp.; Phylum Fermicutes: Lachnospiraceae (including BVAB1-3), Dialister spp., Megasphaera spp., Parvimonas (formerly Peptostreptococcus) spp., Veillonella spp., Streptococcus spp., Staphylococcus, spp., Gemella spp.; Phylum Sfingobacteria: Prevotella spp., Porphyromonas spp., Bacteroides spp.; Phylum Fusobacteria: Sneathia spp., Leptotrichia spp.; Phylum Tenericutes: Mycoplasma spp., Ureaplasma spp.; Phylum Proteobacteria: Escherichia/Shigella spp.4Includes Streptococcus spp., Staphylococcus spp., Escherichia/Shigella spp., Proteus spp.
qPCR即定量聚合酶链反应（quantitative polymerase chain reaction）。1 本数据集纳入的检测方法包括：阴道样本提取DNA的直接测序（下一代测序，next generation sequencing）（10项研究）、培养菌落测序（2项研究）、指纹分型技术（3项研究）以及qPCR检测（2项研究）；另有5项采用DNA杂交技术的研究未使用数据聚类分析方法，因此该类技术未在本表格中体现。2 其中仅1项qPCR研究仅针对惰性乳杆菌（L. iners）开展评估，另一项qPCR研究未发现仅以单一乳杆菌属（Lactobacillus）物种为主的聚类簇。3 除乳杆菌属物种外，10项直接测序研究中纳入的25个丰度最高的分类群，在至少50%的纳入研究中均稳定检出，具体类群如下：放线菌门（Phylum Actinobacteria）：阴道加德纳菌（G. vaginalis）、阴道阿托波菌（A. vaginae）、埃格特菌属（Eggerthella spp.）、动弯杆菌属（Mobiluncus spp.）；厚壁菌门（Phylum Firmicutes）：毛螺菌科（Lachnospiraceae，含BVAB1-3）、Dialister属（Dialister spp.）、巨球形菌属（Megasphaera spp.）、Parvimonas属（原隶属于消化链球菌属Peptostreptococcus，Parvimonas (formerly Peptostreptococcus) spp.）、韦荣球菌属（Veillonella spp.）、链球菌属（Streptococcus spp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus spp.）、孪生球菌属（Gemella spp.）；鞘氨醇杆菌门（Phylum Sphingobacteria）：普雷沃菌属（Prevotella spp.）、卟啉单胞菌属（Porphyromonas spp.）、拟杆菌属（Bacteroides spp.）；梭杆菌门（Phylum Fusobacteria）：斯涅特菌属（Sneathia spp.）、纤毛菌属（Leptotrichia spp.）；柔膜菌门（Phylum Tenericutes）：支原体属（Mycoplasma spp.）、脲原体属（Ureaplasma spp.）；变形菌门（Phylum Proteobacteria）：埃希氏菌/志贺氏菌属（Escherichia/Shigella spp.）。4 该类群涵盖链球菌属（Streptococcus spp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus spp.）、埃希氏菌/志贺氏菌属（Escherichia/Shigella spp.）、变形杆菌属（Proteus spp.）
