DEMETER2 data

Cancer cell line genetic dependencies estimated using the DEMETER2 model. DEMETER2 is applied to three large-scale RNAi screening datasets: the Broad Institute Project Achilles, Novartis Project DRIVE, and the Marcotte et al. breast cell line dataset. The model is also applied to generate a combined dataset of gene dependencies covering a total of 712 unique cancer cell lines. For more information visit https://depmap.org/R2-D2/. <br>Visit the Cancer Dependency Map portal at https://depmap.org to explore related datasets. Email questions to [e-mail] <br>This dataset includes gene dependencies estimated using the DEMETER2 model, the raw input datasets used to fit the models, as well as associated metadata. See Readme file for more details about the dataset contents and version history.<br>-------------------------------------------------------------------Version history: (see README for more details)-------------------------------------------------------------------v1: Initial data release<br>v2: - Removed small number of non-human genes (e.g. GFP, RFP) from shRNA-to-gene mapping - Updated cell line names to be consistent with DepMap names, according to the following map (old -&gt; new):<br>v3: Added estimated seed effect matrices<br>v4: Added RNAseq and mutation data files used in analysis for manuscript

基于DEMETER2模型估算的癌细胞系遗传依赖关系。DEMETER2模型被应用于三大规模RNA干扰（RNAi）筛选数据集：布罗德研究所（Broad Institute）的Achilles项目、诺华（Novartis）的DRIVE项目，以及Marcotte等人的乳腺癌细胞系数据集。该模型还被用于生成整合的基因依赖关系数据集，涵盖共计712种独特的癌细胞系。如需获取更多信息，请访问https://depmap.org/R2-D2/。
可访问癌症依赖图谱（Cancer Dependency Map）门户https://depmap.org以探索相关数据集，如有疑问可发送邮件至[e-mail]。
本数据集包含基于DEMETER2模型估算的基因依赖关系、用于拟合模型的原始输入数据集，以及相关元数据。如需了解数据集内容与版本历史的更多细节，请参阅Readme文件。
-------------------------------------------------------------------版本历史：（更多细节请参阅README文件）-------------------------------------------------------------------
v1：首次数据发布
v2：- 从小发夹RNA（shRNA）与基因的映射表中移除了少量非人源基因（如绿色荧光蛋白（GFP）、红色荧光蛋白（RFP））；- 根据如下映射表（旧名称→新名称）更新细胞系名称，使其与DepMap命名规范保持一致：
v3：新增了估算的种子效应矩阵
v4：新增了论文分析中所用的RNAseq与突变数据文件

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

DEMETER2 data是一个基于DEMETER2模型的癌症细胞系遗传依赖性数据集，整合了Broad Institute Project Achilles、Novartis Project DRIVE和Marcotte等乳腺癌细胞系数据，覆盖712种独特癌症细胞系，包含基因依赖性评分、原始数据和元数据，适用于癌症研究和生物信息学分析。