CRISPRme Dataset

CRISPRme dataset used to generate data, reports and figures in CRISPRme pubblication (Human genetic diversity alters off-target outcomes of therapeutic gene editing) File_S1_1617_search_results.zip contains top1000 targets for sg1617 guide searched on hg38+1000G+HGDP ngg_spcas9.zip contains complete list of targets for sg1617+13 other ngg guides searched on hg38+1000G+HGDP ngg_spcas9.zip contains complete list of targets for sg1617 guide searched on hg38+1000G+HGDP (no-pam) non_ngg.zip contains complete list of targets for other 6 guides with non-ngg pams searched on hg38+1000G+HGDP inclisiran.zip contains complete list of targets for inclisiran guides searched on hg38+1000G+HGDP (no-pam) nusinersen.zip contains complete list of targets for nusinersen guides searched on hg38+1000G+HGDP (no-pam)本数据集用于生成发表于论文《人类遗传多样性改变治疗性基因编辑的脱靶效应（Human genetic diversity alters off-target outcomes of therapeutic gene editing）》的CRISPRme研究相关的数据、报告及图表。各压缩文件的说明如下：1. File_S1_1617_search_results.zip：包含针对sg1617单向导RNA（single guide RNA），在hg38（人类参考基因组版本38）、1000G（1000基因组计划，1000 Genomes Project）及HGDP（人类基因组多样性计划，Human Genome Diversity Project）数据库中检索得到的前1000个靶位点。2. ngg_spcas9.zip：包含两类完整靶位点列表：其一为针对sg1617及另外13种携带NGG型PAM序列的向导RNA，在hg38+1000G+HGDP数据库中检索得到的全部靶位点；其二为针对sg1617单向导RNA，在上述数据库中检索得到的不含PAM序列的全部靶位点。3. non_ngg.zip：包含针对另外6种携带非NGG型PAM序列的向导RNA，在hg38+1000G+HGDP数据库中检索得到的全部靶位点。4. inclisiran.zip：包含针对英克司兰（inclisiran）相关向导RNA，在hg38+1000G+HGDP数据库中检索得到的全部靶位点（不含PAM序列）。5. nusinersen.zip：包含针对诺西那生钠（nusinersen）相关向导RNA，在hg38+1000G+HGDP数据库中检索得到的全部靶位点（不含PAM序列）。