Table 4 in Conoidecyclics A-C from marine macroalga Turbinaria conoides: Newly described natural macrolides with prospective bioactive properties

Table 4 In silico molecular docking parameters between the ligands (conoidecyclics A-C) and the amino acyl residues at the active sites of COX-2, 5-LOX, PTP-1B and ACE. Molecular docking parameters against COX-2a Ligandsb Binding energy (kcal mol 1)b Docking score (kcal mol 1)b Inhibition constant, Ki (pM)b Intermolecular energy (kcal mol 1)b Torsional free energy (kcal mol 1)Hydrogen bonded residuesH-bond length (Å)Conoidecyclic14.5115.4523.2015.461.49GLU 81.A, SER 34.A,2.55, 2.95,AGLN 447.A3.10Conoidecyclic12.9312.9530.5512.930.95ASN 368.A, THR 198.A3.14, 2.63BConoidecyclic10.2410.8231.9411.040.90TYR 108.A3.07CMolecular docking parameters against 5-LOXConoidecyclic13.3414.5633.2314.121.19ARG 666.B, GLU 614.B2.81, 2.51AConoidecyclic10.7511.2553.2511.320.91ILE 406.B2.65BConoidecyclic9.7010.1077.2110.030.60GLN 363.B2.83CMolecular docking parameters against PTP-1BConoidecyclic13.8714.5542.1514.821.29PHE 95.A, GLU 97.A,2.35, 3.21,AGLN 85.A, ARG 43.A1.87, 1.84,1.98Conoidecyclic11.6112.8555.1812.810.97GLU 101.A3.13BConoidecyclic11.0412.1257.6211.980.88ALA 262.A, TYR 20.A,2.57, 2.61,CGLY 259.A2.63Molecular docking parameters against ACEConoidecyclic11.2712.4255.3112.461.49GLU 376.A, ASP 415.A,2.84, 2.93,AHIS 353.A2.85Conoidecyclic9.2410.2959.7810.331.31GLN 281.A, PHE 527.A2.97, 2.59BConoidecyclic8.449.9568.229.911.11––C a Molecular docking simulations were carried out using Autodock 4 software tool. b Values were evaluated from the calculations based on the energy minimization.表4 配体（锥环类化合物A-C，conoidecyclics A-C）与环氧化酶2（COX-2）、5-脂氧合酶（5-LOX）、蛋白酪氨酸磷酸酶1B（PTP-1B）及血管紧张素转换酶（ACE）活性位点处氨基酸残基之间的计算机模拟（in silico）分子对接参数。 针对环氧化酶2（COX-2）的分子对接参数^a： | 配体^b | 结合能（kcal·mol⁻¹） | 对接得分（kcal·mol⁻¹） | 抑制常数Ki（pM） | 分子间能量（kcal·mol⁻¹） | 扭转自由能（kcal·mol⁻¹） | 氢键结合残基 | 氢键长度（Å） | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | 锥环类化合物A | 14.51 | 15.45 | 23.20 | 15.46 | 1.49 | 谷氨酸81(A链)、丝氨酸34(A链)、天冬酰胺447(A链) | 2.55、2.95、3.10 | | 锥环类化合物B | 12.93 | 12.95 | 30.55 | 12.93 | 0.95 | 天冬酰胺368(A链)、苏氨酸198(A链) | 3.14、2.63 | | 锥环类化合物C | 10.24 | 10.82 | 31.94 | 11.04 | 0.90 | 酪氨酸108(A链) | 3.07 | 针对5-脂氧合酶（5-LOX）的分子对接参数： | 配体 | 结合能（kcal·mol⁻¹） | 对接得分（kcal·mol⁻¹） | 抑制常数Ki（pM） | 分子间能量（kcal·mol⁻¹） | 扭转自由能（kcal·mol⁻¹） | 氢键结合残基 | 氢键长度（Å） | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | 锥环类化合物A | 13.34 | 14.56 | 33.23 | 14.12 | 1.19 | 精氨酸666(B链)、谷氨酸614(B链) | 2.81、2.51 | | 锥环类化合物B | 10.75 | 11.25 | 53.25 | 11.32 | 0.91 | 异亮氨酸406(B链) | 2.65 | | 锥环类化合物C | 9.70 | 10.10 | 77.21 | 10.03 | 0.60 | 谷氨酰胺363(B链) | 2.83 | 针对蛋白酪氨酸磷酸酶1B（PTP-1B）的分子对接参数： | 配体 | 结合能（kcal·mol⁻¹） | 对接得分（kcal·mol⁻¹） | 抑制常数Ki（pM） | 分子间能量（kcal·mol⁻¹） | 扭转自由能（kcal·mol⁻¹） | 氢键结合残基 | 氢键长度（Å） | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | 锥环类化合物A | 13.87 | 14.55 | 42.15 | 14.82 | 1.29 | 苯丙氨酸95(A链)、谷氨酸97(A链)、天冬酰胺85(A链)、精氨酸43(A链) | 2.35、3.21、1.87、1.84、1.98 | | 锥环类化合物B | 11.61 | 12.85 | 55.18 | 12.81 | 0.97 | 谷氨酸101(A链) | 3.13 | | 锥环类化合物C | 11.04 | 12.12 | 57.62 | 11.98 | 0.88 | 丙氨酸262(A链)、酪氨酸20(A链)、甘氨酸259(A链) | 2.57、2.61、2.63 | 针对血管紧张素转换酶（ACE）的分子对接参数： | 配体 | 结合能（kcal·mol⁻¹） | 对接得分（kcal·mol⁻¹） | 抑制常数Ki（pM） | 分子间能量（kcal·mol⁻¹） | 扭转自由能（kcal·mol⁻¹） | 氢键结合残基 | 氢键长度（Å） | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | 锥环类化合物A | 11.27 | 12.42 | 55.31 | 12.46 | 1.49 | 谷氨酸376(A链)、天冬氨酸415(A链)、组氨酸353(A链) | 2.84、2.93、2.85 | | 锥环类化合物B | 9.24 | 10.29 | 59.78 | 10.33 | 1.31 | 谷氨酰胺281(A链)、苯丙氨酸527(A链) | 2.97、2.59 | | 锥环类化合物C | 8.44 | 9.95 | 68.22 | 9.91 | 1.11 | 无 | 无 | 注a：本分子对接模拟采用Autodock 4软件完成。 注b：所有数值均基于能量最小化计算所得。