MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 200 mM CaCl2 part 1
收藏资源简介：
MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 200 mM CaCl<sub>2</sub> part 1 (0-500ns) Dataset contains trajectories (_trj) for the first 500ns of the 1000ns trajectory, topology (-out.cms), input files (.cfg, .msj, .cms), and other files For the ease of the upload, trajectory files (_trj) are divided to 100ns pieces and tarred (named desmond_md_cacl200_x-xns.tar.gz) Dataset also contains Gromacs converted files (.xtc, .gro and .top). Converted trajectories are as 100 ns pieces for analysis since simulation did not equilibrate during 1000 ns. System: POPC bilayer in water Number of lipids: 200 (100/leaflet) Number of waters: 8880 Salt: CaCl<sub>2</sub> Concentration: 200 mM Number of cations: 32 Simulation time: 1000 ns (in this dataset 0-500ns) Simulation engine: Desmond 2019-4 Temperature: 300 K Related dataset: MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 200 mM CaCl<sub>2</sub> part 2
基于OPLS3e力场的POPC双层膜分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟数据集（200 mM氯化钙，第1部分，0~500 ns） 本数据集包含总时长1000 ns的模拟轨迹中前500 ns的轨迹文件（后缀为_trj）、拓扑文件（后缀为-out.cms）、输入文件（后缀为.cfg、.msj、.cms）及其他辅助文件。为便于上传，轨迹文件已按100 ns为单位拆分并打包为tar.gz压缩包，命名格式为desmond_md_cacl200_x-xns.tar.gz。 本数据集同时包含转换至Gromacs格式的文件（后缀为.xtc、.gro及.top）。由于该模拟在1000 ns总时长内未达到平衡态，转换后的轨迹同样按100 ns为单位拆分，以用于后续分析。 模拟体系：水溶液中的POPC双层膜 脂质总条数：200条，两个脂单层各含100条 水分子数目：8880个 盐组分：氯化钙（CaCl₂） 盐浓度：200 mM 阳离子数目：32个 模拟总时长：1000 ns（本数据集仅涵盖0~500 ns的模拟片段） 模拟引擎：Desmond 2019-4 模拟温度：300 K 相关数据集：基于OPLS3e力场的POPC双层膜分子动力学模拟数据集（200 mM氯化钙）第2部分
