遇见数据集

Pangenome file corresponding to the region spanning from entH to cusS.

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Zenodo2025-12-05 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

h5 file of the pangenome computed from the region spanning from entH to cusS using PPanGGOLiN v2.0.0. Thresholds of 80% amino acid identity and alignment coverage were used to define protein families. Nucleic sequences spanning from entH to cusS were extracted from E. coli complete genomes available in RefSeq on September 19, 2022 (n=2302) and Escherichia non-coli species (n=167), and annotated using Prokka v1.13.3

本数据集为采用PPanGGOLiN v2.0.0软件,针对entH至cusS区间计算得到的泛基因组(pangenome)的h5文件。本次分析以80%氨基酸一致性与比对覆盖度作为阈值,用于定义蛋白质家族。 本研究于2022年9月19日从参考序列数据库(RefSeq)中,提取了2302株大肠杆菌(E. coli)完整基因组以及167株非大肠杆菌埃希氏菌属物种的完整基因组,从中获取entH至cusS区间的核酸序列,并使用Prokka v1.13.3完成了序列注释。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-09-12
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