MD simulations of TOCL(TMA/Na) and TLCL(Na) in CHARMM36

Simulation of TLCL and TOCL is done in GROMACS 2024.x in fully hydrated states using standrad CHARMM-GUI protocol over 500 ns after 100 ns of pre-equilibration (not deposited). Trajectory is saved every 100 ps with velocities. Temperature 303K (v-rescale), pressure semi-isotropic 1bar (parrinello-rahman). Three systems are deposited: TLCL (33/33), NaCl (66*2+15), H2O (~45 w/P) TOCL (33/33), TMACl (66*2+11), H2O (~32 w/P) TOCL (33/33), NaCl (66*2+11), H2O (~40 w/P)本研究采用标准CHARMM-GUI模拟流程，借助GROMACS 2024.x版本对完全水合状态下的TLCL与TOCL体系开展分子动力学模拟。模拟总时长为500 ns，预平衡阶段时长为100 ns，预平衡轨迹未存入数据集。模拟轨迹每100 ps保存一次，同时保存原子速度信息。控温设置为303 K，采用v-rescale恒温算法；控压采用半各向同性耦合方式，压强设为1 bar，使用Parrinello-Rahman压浴算法。本次数据集共包含3个模拟体系，具体如下： TLCL（33/33）、氯化钠（NaCl，66×2+15）、H₂O（约45 w/P） TOCL（33/33）、氯化四甲基铵（TMACl，66×2+11）、H₂O（约32 w/P） TOCL（33/33）、氯化钠（NaCl，66×2+11）、H₂O（约40 w/P）