Cohorte familiale d’asthme du Saguenay-Lac-St-Jean (SLSJ asthma family cohort) – données de méthylation de l’ADN, génotypes et données sur le statut d’allergie alimentaire pour 114 individus (DNA methylation data, genetic data, and food allergy status for 114 individuals)

La cohorte familiale d’asthme du Saguenay-Lac-St-Jean est une cohorte créée en 1997 et maintenue par la professeure Catherine Laprise afin de récolter des données de santé générale, cliniques et génétiques (génome, épigénome et transcriptome) pour l'étude des facteurs génétiques et environnementaux de risque et de protection de l'asthme. Cette cohorte inclus 1 394 individus répartis à travers 271 familles. Les données génétiques de cet ensemble ont été générées lors du suivi des conditions de santé de 155 individus de la cohorte. De ces 155 individus, le phénotype de sensibilisation aux allergènes alimentaires a pu être confirmé par test cutané pour 114 individus. Pour ceux-ci, les données de méthylation de l’ADN, les génotypes ainsi que les données phénotypiques sont disponibles. Les données de méthylation proviennent d’un panel de séquençage ciblant les régions régulatrices des cellules immunes (5 233 004 sites CpG). Les génotypes proviennent de la puce Illumina Human610-quad suivi d’une étape d’imputations avec comme séquences de références celles du 1 000 Genome Project database (phase 3) et du projet UK10K (7 829 249 variants génétiques).
_______________________________________________________________________________________ The Saguenay–Lac-Saint-Jean asthma family cohort is a cohort established in 1997 and maintained by Professor Catherine Laprise to collect general health, clinical, and genetic data (genome, epigenome, and transcriptome) for the study of genetic and environmental risk and protective factors for asthma. This cohort includes 1,394 individuals from 271 families. Genetic data were generated as part of the health condition follow-up for 155 individuals from the cohort. Among these, the food allergen sensitization phenotype was confirmed by skin prick testing in 114 individuals. For these individuals, DNA methylation data, genotypes, and phenotypic data are available. The DNA methylation data were obtained using a targeted sequencing panel focusing on regulatory regions of immune cells (5,233,004 CpG sites). Genotypes were generated using the Illumina Human610-Quad microarray, followed by an imputation step using reference sequences from the 1000 Genomes Project (phase 3) and the UK10K project (7,829,249 genetic variants).

萨格奈-拉克-圣让（Saguenay–Lac-Saint-Jean）哮喘家族队列是1997年建立的队列，由凯瑟琳·拉普里斯（Catherine Laprise）教授维护，旨在收集通用健康、临床及遗传数据（基因组、表观基因组、转录组），用于研究哮喘的遗传与环境风险及保护因素。该队列涵盖来自271个家庭的1394名个体。该队列的遗传数据源自对其中155名个体的健康状况随访。在这155名个体中，有114名经皮肤点刺试验确认存在食物过敏原致敏表型。针对这114名个体，可获取其DNA甲基化数据、基因型数据及表型数据。DNA甲基化数据通过靶向测序面板获得，该面板靶向免疫细胞的调控区域，覆盖5233004个CpG位点（CpG site）。基因型数据依托Illumina Human610-quad基因芯片（Illumina Human610-Quad microarray）生成，随后以千人基因组计划（1000 Genome Project）第三阶段及UK10K项目的序列作为参考进行基因型填充，最终得到7829249个遗传变异位点。