Diversity and evolution of chitin synthases in oomycetes (Straminipila: Oomycota)

Files S1A–C. Relevant sequence details of the additional 26 oomycete CHSs released after initial dataset collection. The files contain the full-length CHS sequences (A), the sequences spanning CHS motifs a–h (B), and sequences spanning the MIT domain (C) separated into CHS clades (A and B) or according to the MIT prediction method (C) as indicated in the sequence identifier. Files S2A–C. Alignments of full-length CHSs including the additional 26 oomycete CHSs. The files contain the alignments for full-length CHSs from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S3A–C. ML phylogenetic trees of full-length CHSs including the additional 26 oomycete CHSs. The files contain the phylogenies in Newick format for full-length CHSs from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). File S4. Full-length CHS sequences. The file contains the full-length CHS sequences separated into CHS clades as indicated in the sequence identifier. File S5. Sequences of CHS motifs. The file contains the sequences spanning CHS motifs a–h separated into CHS clades as indicated in the sequence identifier. Files S6A and B. MIT domain sequences. FileS6A contains the sequences spanning the MIT domain according to the used prediction method, and the five sequences of the VPS4 outgroup representing eukaryotic non-CHS MIT domains, as indicated in the sequence identifier. FileS6B contains those sequences spanning the MIT domain according to the prediction by Pfam that differ in the alternative alignment using MUSCLE as compared to Clustal Omega and MAFFT. Files S7A–C. Alignments of full-length CHSs. The files contain the alignments for full-length CHSs from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S8A–C. Alignments of CHS motifs. The files contain the alignments for sequences spanning CHS motifs a–h from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S9A–C. Alignments of MIT domains. The files contain the alignments for the MIT domain from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S10A–C. ML phylogenetic trees of full-length CHSs. The files contain the phylogenies in Newick format for full-length CHSs from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S11A–C. ML phylogenetic trees of CHS motifs. The files contain the phylogenies in Newick format for sequences spanning CHS motifs a–h from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S12A–C. ML phylogenetic trees of MIT domains. The files contain the phylogenies in Newick format for the MIT domain from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C). Files S13A and B. Species trees used to generate Fig. S5. FileS13A and FileS13B contain the species tree presented in the left and right panel. Files S14A–C. Alignments used to generate Fig. S10. The files contain the alignments from Clustal Omega (A), MAFFT (B) and MUSCLE (C) for the MIT domain and its upstream region of the Pfam seed.

文件S1A–C：初始数据集收集完成后新增的26个卵菌几丁质合酶（Chitin Synthase, CHS）的相关序列详情。该系列文件包含：（A）全长CHS序列；（B）覆盖CHS基序a–h的序列；（C）覆盖MIT结构域（MIT domain）的序列。其中A、B类序列按CHS进化枝分组，C类序列则按序列标识符中注明的MIT预测方法进行分组。
文件S2A–C：包含新增26个卵菌CHS在内的全长CHS序列比对结果。该系列文件分别包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）三种工具生成的全长CHS序列比对结果。
文件S3A–C：包含新增26个卵菌CHS在内的全长CHS序列最大似然法（Maximum Likelihood, ML）系统发育树。该系列文件包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的全长CHS序列比对结果对应的Newick格式系统发育树。
文件S4：全长CHS序列。该文件包含按序列标识符中注明的CHS进化枝分组的全长CHS序列。
文件S5：CHS基序序列。该文件包含覆盖CHS基序a–h的序列，并按序列标识符中注明的CHS进化枝进行分组。
文件S6A和B：MIT结构域序列。文件S6A包含按所用预测方法得到的MIT结构域覆盖序列，以及序列标识符中注明的5个代表真核生物非CHS型MIT结构域的VPS4外类群序列。文件S6B包含通过Pfam预测得到的MIT结构域覆盖序列，这类序列在使用MUSCLE进行比对时，与Clustal Omega和MAFFT的比对结果存在差异。
文件S7A–C：全长CHS序列比对结果。该系列文件分别包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）三种工具生成的全长CHS序列比对结果。
文件S8A–C：CHS基序序列比对结果。该系列文件分别包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的覆盖CHS基序a–h的序列比对结果。
文件S9A–C：MIT结构域序列比对结果。该系列文件分别包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的MIT结构域序列比对结果。
文件S10A–C：全长CHS序列最大似然法系统发育树。该系列文件包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的全长CHS序列比对结果对应的Newick格式系统发育树。
文件S11A–C：CHS基序序列最大似然法系统发育树。该系列文件包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的覆盖CHS基序a–h的序列比对结果对应的Newick格式系统发育树。
文件S12A–C：MIT结构域最大似然法系统发育树。该系列文件包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的MIT结构域序列比对结果对应的Newick格式系统发育树。
文件S13A和B：用于生成图S5的物种树。文件S13A和S13B分别包含左、右面板中展示的物种树。
文件S14A–C：用于生成图S10的比对结果。该系列文件分别包含通过Clustal Omega（A）、MAFFT（B）及MUSCLE（C）生成的Pfam种子数据库中MIT结构域及其上游区域的序列比对结果。