hu.MAP 2.0: integration of over 15,000 proteomic experiments builds a global compendium of human multiprotein assemblies (dataset)
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hu.MAP2.0 is the intergration of 15,000 mass spectrometry based proteomics experiments to identify protein complexes. The files here are downloadable files from the hu.MAP2.0 website: http://humap2.proteincomplexes.org/download . hu.MAP2.0 Protein Complex Map humap2_complexes_20200809.txt Description: Complexes generated from two stage clustering of fully intergrated protein interaction network Format: HuMAP2_ID,Confidence,Uniprot_ACCs,genenames Confidence maps to complexes identified in 5 individual clusterings. 1=Extremely High, 2=Very High, 3=High, 4=Medium High, 5=Medium hu.MAP2.0 Protein Interaction Network with probability scores humap2_ppis_ACC_20200821.pairsWprob.gz (Uniprot ACCs) humap2_ppis_genename_20200821.pairsWprob.gz (genename) humap2_ppis_geneid_20200821.pairsWprob.gz (geneid) Description: All protein pair predictions with the corresponding svm probability score. Format: protein_id [tab] protein_id [tab] score hu.MAP2.0 Cytoscape network: humap2_protein_complex_map_20200821.cys Description: Cytoscape network of hu.MAP 2.0 Node colors represent complex confidence Extremely High = Green Very High = Blue High = Teal Medium High = Yellow Medium = Gray Edge colors represent gold standard edges Positive Test = Green Positive Train = Blue Negative Test = Yellow Negative Train = Red hu.MAP2.0 Test and Training Data: humap2_train_complexes_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_train_complexes_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of training complexes used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id, protein_id ... (one complex per line) humap2_test_complexes_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_test_complexes_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of test complexes used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id, protein_id ... (one complex per line) humap2_train_ppis_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_train_ppis_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of train postive ppis used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id humap2_neg_train_ppis_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_neg_train_ppis_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of train negative ppis used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id humap2_test_ppis_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_test_ppis_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of test positive ppis used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id humap2_neg_test_ppis_ACC_20200818.txt (Uniprot ACCs)humap2_neg_test_ppis_geneid_20200818.txt (geneid) Description: List of test negative ppis used in protein complex discovery pipeline Format: protein_id, protein_id hu.MAP2.0 feature matrix: humap2_feature_matrix_20200820.featmat.gz Description: Table of features from integrated datasets for pairs of proteins (geneids). Also includes Weighted Matrix Model features Format: protein_id,protein_id,[features]
hu.MAP2.0 整合了15000项基于质谱的蛋白质组学实验，用于鉴定蛋白质复合物。本次提供的文件均可从hu.MAP2.0官方网站 http://humap2.proteincomplexes.org/download 下载获取。 hu.MAP2.0 蛋白质复合物图谱 humap2_complexes_20200809.txt 描述：通过对完全整合的蛋白质相互作用网络进行两阶段聚类得到的蛋白质复合物。 格式：HuMAP2_ID、置信度、UniProt 登录号（Uniprot_ACCs）、基因名（genenames） 置信度映射自5次独立聚类所鉴定的复合物，等级1为极高，等级2为非常高，等级3为高，等级4为中高，等级5为中等。 hu.MAP2.0 带概率得分的蛋白质相互作用网络 humap2_ppis_ACC_20200821.pairsWprob.gz（UniProt 登录号格式） humap2_ppis_genename_20200821.pairsWprob.gz（基因名格式） humap2_ppis_geneid_20200821.pairsWprob.gz（基因ID格式） 描述：所有蛋白质对预测结果及其对应的支持向量机（SVM）概率得分。 格式：蛋白质ID [制表符分隔] 蛋白质ID [制表符分隔] 得分 hu.MAP2.0 Cytoscape 网络： humap2_protein_complex_map_20200821.cys 描述：hu.MAP 2.0的Cytoscape可视化网络。 节点颜色代表复合物置信度： 极高 = 绿色 非常高 = 蓝色 高 = 青绿色 中高 = 黄色 中等 = 灰色 边颜色代表金标准相互作用边： 阳性测试集 = 绿色 阳性训练集 = 蓝色 阴性测试集 = 黄色 阴性训练集 = 红色 hu.MAP2.0 测试与训练数据集： humap2_train_complexes_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_train_complexes_geneid_20200818.txt（基因ID格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的训练复合物列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID, 蛋白质ID……（每行代表一个复合物） humap2_test_complexes_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_test_complexes_geneid_20200818.txt（基因ID格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的测试复合物列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID, 蛋白质ID……（每行代表一个复合物） humap2_train_ppis_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_train_ppis_geneid_20200818.txt（基因名格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的训练阳性蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）对列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID humap2_neg_train_ppis_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_neg_train_ppis_geneid_20200818.txt（基因名格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的训练阴性蛋白质-蛋白质相互作用对列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID humap2_test_ppis_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_test_ppis_geneid_20200818.txt（基因名格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的测试阳性蛋白质-蛋白质相互作用对列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID humap2_neg_test_ppis_ACC_20200818.txt（UniProt 登录号格式）、humap2_neg_test_ppis_geneid_20200818.txt（基因名格式） 描述：蛋白质复合物发现流程中使用的测试阴性蛋白质-蛋白质相互作用对列表。 格式：蛋白质ID, 蛋白质ID hu.MAP2.0 特征矩阵： humap2_feature_matrix_20200820.featmat.gz 描述：基于整合数据集得到的蛋白质对（基因ID格式）特征表，同时包含加权矩阵模型特征。 格式：蛋白质ID,蛋白质ID,[特征列]
