rCRUX Generated MiFish Universal 12S Expanded Reference Database

rCRUX generated reference database using NCBI nt blast database and an additional custom blast database comprised of all Actinopterygii mitogenomes. Both blast databases were downloaded in December 2022. Primer Name: MiFish Universal<br> Gene: 12S<br> Length of Target: 163–185<br> get_seeds_local() minimum length: 170<br> get_seeds_local() maximum length: 250<br> blast_seeds() minimum length: 140<br> blast_seeds() maximum length: 250<br> max_to_blast: 1000<br> Forward Sequence (5'-3'): GTGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC<br> Reverse Sequence (5'-3'): CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG<br> Reference: Miya, M., Sato, Y., Fukunaga, T., Sado, T., Poulsen, J. Y., Sato, K., ... &amp; Kondoh, M. (2015). MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species. Royal Society open science, 2(7), 150088. https://doi.org/10.1098/rsos.150088 We chose default rCRUX parameters for <em>get_blast_seeds</em>() of percent coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, and max number of blast alignments = '100000000' and for <em>blast_seeds</em>() of coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, rank of genus, and max number of blast alignments = '10000000'.rCRUX 生成的参考数据库采用了 NCBI nt 比对数据库（NCBI nt blast database）以及一个由所有辐鳍鱼纲（Actinopterygii）线粒体基因组组成的自定义比对数据库。两个比对数据库均于2022年12月下载。 引物名称：MiFish 通用引物（MiFish Universal） 基因：12S 基因 目标序列长度：163~185 get_seeds_local() 最小长度：170 get_seeds_local() 最大长度：250 blast_seeds() 最小长度：140 blast_seeds() 最大长度：250 最大待比对序列数：1000 正向序列（5'→3'）：GTGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC 反向序列（5'→3'）：CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG 参考文献：Miya, M., Sato, Y., Fukunaga, T., Sado, T., Poulsen, J. Y., Sato, K., 等与 Kondoh, M.（2015）。《MiFish：一套用于鱼类环境DNA宏条形码检测的通用PCR引物：可检测230余种亚热带海洋鱼类》，《皇家学会开放科学》，2(7)，150088。https://doi.org/10.1098/rsos.150088 本研究为 *get_blast_seeds*() 函数设置了默认参数：覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7，最大比对序列数为100000000；为 *blast_seeds*() 函数设置的默认参数为：覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7、属水平分类排序，最大比对序列数为10000000。