OpenFF POPC/CHOL 20% Simulation (32/8:32/8 at 298K)
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64 lipid bilayer (32:32) with 16 cholesterol molecules (8:8) and hydrated with 4000 SPC/E waters. Equilibrated for 100 ns and simulated for 200 ns at 298K. Full input and output from: https://github.com/PEFrankel/OpenFF_Bilayer. Parameters generated by OpenFF Toolkit (Mobley et al., 2018) + Interchange (https://zenodo.org/records/8229243). Forcefield line: 'openff-2.1.0.offxml' from OpenFF Sage (Boothroyd et al., 2023 / https://zenodo.org/records/7889050)
本数据集包含由64个脂质分子构成的双分子层(两种脂质组分占比为32:32),搭配16个胆固醇分子(组分占比为8:8),并采用4000个SPC/E水模型水分子进行水化。该体系先进行100纳秒的平衡化模拟,随后在298开尔文温度下开展200纳秒的分子动力学模拟。 完整的输入与输出文件可从以下链接获取:https://github.com/PEFrankel/OpenFF_Bilayer。 本数据集的力场参数由OpenFF工具包(OpenFF Toolkit,Mobley等人,2018)与Interchange软件(https://zenodo.org/records/8229243)生成。 所用力场文件为`openff-2.1.0.offxml`,源自OpenFF Sage(Boothroyd等人,2023 / https://zenodo.org/records/7889050)



