Supplemental data for Rules of Coexistence: RiPP Recognition Elements Evolved to Prevent Pathway Interference through Leader Peptide Discrimination

NMR titration data of the 15N labeled RRE of PbaB1, with different peptides in 800_PbaB1 folder Series 1-5 PbaA peptide Series 101-107 LppA peptide Series 201-205 PbaA W-15Ypeptide Series 301-305 LppA Y-16W peptide ######################################################### Phylogenetic data in the Phylogenetic data folder: #........................................................... # rre.3024.FASTA Alignment of 3024 RRE domains with consensus sequence and sites, containing >95% gaps removed. Sequence deflines include RRE classification (RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO for LPP, paeninodins and other lasso). Aligned FASTA format. #........................................................... # rre.3024.ftx.tre Approximate ML tree, reconstructed using "FastTree -gamma -wag" command options. Leaves indicate protein GenBank IDs and RRE classification (RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO). Newick format. #........................................................... # Prok2311.rre.genes.tab Mapping of RREs to a collection of completely sequenced prokaryotic genomes (see https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8). Columns: 1. Gene ID | NCBI locus tag 2. Genome assembly ID 3. Protein id in the assembly (WP_013528114_1 = WP_013528114.1) 4. GenBank ID of the closest relative in the rre.3024 set 5. RRE classification (RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO) 6. NCBI taxonomic lineage for the genome assembly ASCII tab-delimited text file. #........................................................... # Prok2311.Bacilli.uxr.tre Approximate ML tree for genomes in the Bacilli clade, reconstructed using 54 nearly universal bacterial COGs. Leaves indicate abbreviated taxonomy of the genome, Genome assembly ID, and, when approproate, classification of RRE genes, present in this genome (RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO). Internal nodes of the tree have numerical labels. Newick format. #........................................................... # Prok2311.Bacilli.pars.tab Equal-weight maximum parsimony reconstriuction of RRE_LPP and RRE_PAEN genes in Bacilli. Columns: 1. RRE classification (RRE_LPP/RRE_PAEN) 2. Tree node (___N5709 = node #5709 in the Prok2311.Bacilli.uxr.tre or Genome assembly ID for leaves) 3. Gene presence or absence (1/0) 4. Gain, loss or no change (1/-1/0) on the tree edge, leading to the node Only the nodes where the gene(s) are present or lost are shown. ASCII tab-delimited text file.800_PbaB1文件夹中存放PbaB1的15N标记RRE的核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance, NMR）滴定数据，所用多肽分为以下系列： 系列1-5：PbaA多肽 系列101-107：LppA多肽 系列201-205：PbaA W-15Y多肽 系列301-305：LppA Y-16W多肽 ######################################################### 系统发育数据存放于Phylogenetic data文件夹中： #........................................................... # rre.3024.FASTA 包含3024个RRE结构域的序列联配结果，已去除间隙占比超过95%的位点，并附带共识序列与联配位点信息。序列标题行包含RRE分类注释（针对LPP、Paeninodins及其他套索肽的RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO三类）。文件格式为联配后的FASTA格式。 #........................................................... # rre.3024.ftx.tre 采用"FastTree -gamma -wag"命令参数构建的近似最大似然（Maximum Likelihood, ML）系统发育树。树的叶节点标注对应蛋白质的GenBank编号与RRE分类信息。文件格式为Newick格式。 #........................................................... # Prok2311.rre.genes.tab RRE与已完成全基因组测序的原核生物基因组的映射表（详见https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8）。各列信息如下： 1. 基因ID | NCBI基因座标签 2. 基因组组装ID 3. 组装版本中的蛋白质ID（例如WP_013528114_1 对应WP_013528114.1） 4. rre.3024数据集中最相近同源序列的GenBank编号 5. RRE分类信息（RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO） 6. 该基因组组装对应的NCBI分类学谱系 文件为ASCII制表符分隔的文本格式。 #........................................................... # Prok2311.Bacilli.uxr.tre 基于54个近乎通用的细菌直系同源基因簇（Clusters of Orthologous Groups, COGs）构建的芽孢杆菌纲（Bacilli）类群基因组的近似最大似然系统发育树。树的叶节点标注为基因组的简化分类学信息、基因组组装ID，以及该基因组中存在的RRE基因分类信息（若适用则标注RRE_LPP/RRE_PAEN/RRE_LASSO）；树的内部节点带有数字标签。文件格式为Newick格式。 #........................................................... # Prok2311.Bacilli.pars.tab 芽孢杆菌纲中RRE_LPP与RRE_PAEN基因的等权重最大简约法进化重建结果。各列信息如下： 1. RRE分类信息（RRE_LPP/RRE_PAEN） 2. 树节点（___N5709 指代Prok2311.Bacilli.uxr.tre中的5709号节点，叶节点则直接使用基因组组装ID） 3. 基因存在/缺失状态（1表示存在，0表示缺失） 4. 指向该节点的树分支上发生的进化事件（1代表基因获得，-1代表基因丢失，0代表无变化） 仅展示存在或发生基因丢失事件的节点。文件为ASCII制表符分隔的文本格式。