Additional file 1: TableS1. of The Peach v2.0 release: high-resolution linkage mapping and deep resequencing improve chromosome-scale assembly and contiguity

SSR markers developed in this study from Peach v1.0. For each primer, the locus name, primer sequences, position in Peach v1.0 and v2.0, repeated motif, polymorphism in TxE (monomorphic, BIN or fully mapped) and location in genic or intergenic regions are reported. Table S2. SNP markers developed in this study from the resequencing of the CxA F1 parent. For each primer, the locus name, position in Peach v1.0 and v2.0, primer sequences, BIN position and location in genic or intergenic regions are reported. Table S3. Illumina short reads libraries. All libraries were sequenced as 2x250s using Illumina sequencing. Reads were filtered on quality, screening for reads that were predominantly simple sequence, and residual phix contamination. Table S4. TxE linkage map. For each locus, the genetic position in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Only integrated markers are reported. Table S5. Sequenom SNP development and their efficiency with the SNP calling parameters used in this study. A posteriori efficiency was calculated using more stringent parameters as in Verde et al. 2013. Table S6. CxA linkage map. For each locus, the genetic position in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Table S7. PxF linkage map. For each locus, the genetic position in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Table S8. Linkage map of PxF F1 parent. For each locus, the genetic position in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Table S9. Linkage map of PxF recurrent parent (IF7310828). For each locus, the genetic position in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Table S10. Composition of the 8 Peach v2.0 pseudomolecules. Start and end of each scaffold, total scaffold length, scaffold denomination in v2.0 and in v1.0, v1.0 position of each v2.0 scaffold, length of the scaffold ends uncovered with markers and mapping and orientation information achieved with the linkage maps used in this study, are reported. Table S11. Linkage map of LG6 of MDxSD. For each locus, the genetic position (cM) in linkage groups and physical position in Peach v2.0 are reported. Table S12. Peach v2.0 assembly statistics (N/L) prior to the pseudomolecules build. Table S13. Peach v2.0 assembly statistics post chromosome-scale build. (XLSX 391Â kb)

本研究基于桃参考基因组v1.0（Peach v1.0）开发的简单序列重复（SSR）标记。本部分记录了每对引物对应的位点名称、引物序列、在桃v1.0与v2.0版本基因组中的位置、重复基序、TxE组合中的多态性情况（单态、BIN定位或已完全图谱定位），以及该位点位于基因区还是基因间区。
表S2。本研究通过对CxA F1亲本进行重测序开发的单核苷酸多态性（SNP）标记。本部分记录了每对引物对应的位点名称、在桃v1.0与v2.0版本基因组中的位置、引物序列、BIN定位信息，以及该位点位于基因区还是基因间区。
表S3。Illumina短读长文库。所有文库均采用Illumina测序平台进行双端250bp（2x250）测序。测序读段会经过质量过滤，筛选去除主要为简单序列的读段以及残留的PhiX噬菌体污染读段。
表S4。TxE连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置，以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置，仅收录已整合的标记。
表S5。Sequenom平台单核苷酸多态性（SNP）标记开发及本研究使用的SNP分型参数的分型效率。本研究采用比Verde等人2013年研究更严格的参数计算了事后分型效率。
表S6。CxA连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置，以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置。
表S7。PxF连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置，以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置。
表S8。PxF F1亲本连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置，以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置。
表S9。PxF轮回亲本（IF7310828）连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置，以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置。
表S10。桃v2.0版本8条假染色体的组成信息。本部分记录了每个支架序列的起始与终止位置、总支架长度、v2.0与v1.0版本中的支架命名、每个v2.0支架在v1.0版本中的位置、未被标记覆盖的支架末端长度，以及通过本研究使用的连锁图谱获得的标记定位与方向信息。
表S11。MDxSD第6连锁群（LG6）连锁图谱。本部分记录了每个标记位点在连锁群中的遗传位置（单位：cM），以及在桃v2.0版本基因组中的物理位置。
表S12。假染色体组装前的桃v2.0版本基因组组装统计数据（N/L）。
表S13。染色体级别组装完成后的桃v2.0版本基因组组装统计数据。（XLSX 391 kb）