Additional file 1 of Reconstructing the ancestral gene pool to uncover the origins and genetic links of Hmong–Mien speakers

Additional file 1: Table S1. Quality control information of whole genome sequencing of Yao samples. Table S2. Total length of Archaic segments and Ancestry segments at the individual level among HM. Table S3. Higheast Altai Neanderthal segments in 80 Yao samples. Table S4. Higheast Denisova segments in 80 Yao samples. Table S5. Unique Altai Neanderthal segments in 80 Yao samples. Table S6. Unique Denisova segments in 80 Yao samples. Table S7. Y-haplogroups inferred by Y-LineageTracker software based on Panel 1 dataset. Table S8. The distribution of Y-haplogroups in sequencing data samples. Table S9. Hmong-Mien language distence matrix. Table S10. mtDNA-haplogroups inferred by Haplogrep2 software based on Panel 1 dataset. Table S11. The distribution of mtDNA-haplogroups in sequencing data samples. Table S12. Pairwise-FST between two populations based on Panel 2 dataset in the context of East Asia. Table S13. Inferring the origin of the South China components in the Han Chinese population through f4. Table S14. 8 ancient DNA samples sharing the most genetic drift with the Hmong-Mien ancestral population. Table S15. The F3 results of 8 ancient DNA samples sharing the most genetic drift with the Hmong-Mien ancestral population. Table S16. Top 0.1% signal of the pairwise FST of HM and Han. Table S17. KOBAS pathway analysis on the genes in which highly differentiated SNVs between HM and Han are located. Table S18. Top 0.1% signal of the pairwise FST of aHM and Han. Table S19. KOBAS pathway analysis on the genes in which newly identified signal SNVs of aHM are located. Table S20. IHS results of the HM population group. Table S21. IHS results of the aHM population group. Table S22. SNVs distributed in a gradient among aHM, HM and Han. Table S23. KOBAS pathway analysis on the genes that regulated by eQTLs from HM special SNVs. Table S24. Proportion of carrying recent derived alleles. Table S25. 3-degree or closer relationship pairs in 80 Yao samples. Table S26. HLA types of all samples in Panel 1 dataset. Table S27. Frequency statistics of each HLA type in each population.

附加文件1：
表S1。瑶族样本全基因组测序（whole genome sequencing）质控信息。
表S2。苗瑶语族（Hmong-Mien, HM）个体层面的古基因组片段与祖源片段总长度。
表S3。80例瑶族样本中丰度最高的阿尔泰尼安德特（Altai Neanderthal）基因组片段。
表S4。80例瑶族样本中丰度最高的丹尼索瓦（Denisova）基因组片段。
表S5。80例瑶族样本中独有阿尔泰尼安德特基因组片段。
表S6。80例瑶族样本中独有丹尼索瓦基因组片段。
表S7。基于数据集1（Panel 1），通过Y-LineageTracker软件推断的Y染色体单倍群。
表S8。测序数据样本中Y染色体单倍群的分布情况。
表S9。苗瑶语族语言距离矩阵。
表S10。基于数据集1（Panel 1），通过Haplogrep2软件推断的线粒体DNA（mtDNA）单倍群。
表S11。测序数据样本中线粒体DNA单倍群的分布情况。
表S12。东亚背景下基于数据集2（Panel 2）的两两群体间固定指数（FST）。
表S13。通过f4统计检验推断汉族人群中的华南成分起源。
表S14。与苗瑶语族祖先群体遗传漂变相似度最高的8例古DNA样本。
表S15。与苗瑶语族祖先群体遗传漂变相似度最高的8例古DNA样本的F3统计结果。
表S16。苗瑶语族与汉族群体间两两固定指数的前0.1%显著信号位点。
表S17。苗瑶语族与汉族群体间高分化单核苷酸变异（SNV）所在基因的KOBAS通路富集分析结果。
表S18。古代苗瑶语族群体（ancient Hmong-Mien, aHM）与汉族群体间两两固定指数的前0.1%显著信号位点。
表S19。古代苗瑶语族群体新鉴定的单核苷酸变异信号所在基因的KOBAS通路富集分析结果。
表S20。现代苗瑶语族群体的整合单倍型得分（integrated haplotype score, IHS）分析结果。
表S21。古代苗瑶语族群体的整合单倍型得分分析结果。
表S22。在古代苗瑶语族、现代苗瑶语族与汉族群体中呈梯度分布的单核苷酸变异。
表S23。受苗瑶语族特异性单核苷酸变异调控的表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）相关基因的KOBAS通路富集分析结果。
表S24。携带近期衍生等位基因的样本比例。
表S25。80例瑶族样本中的3级及更近亲缘关系对。
表S26。数据集1（Panel 1）中所有样本的人类白细胞抗原（HLA）分型结果。
表S27。各群体中每一种人类白细胞抗原分型的频率统计。