Data from: Phylogenetic distribution and expression pattern analyses identified a divergent basal body assembly protein involved in land plant spermatogenesis

<pre>Data from: Phylogenetic distribution and expression pattern analyses identified a divergent basal body assembly protein involved in land plant spermatogenesis Author information Shizuka Koshimizu1, Naoki Minamino2, Tomoaki Nishiyama3, Emiko Yoro4, Mayuko Sato5, Mayumi Wakazaki5, Kiminori Toyooka5, Kazuo Ebine2,6, Keiko Sakakibara4, Takashi Ueda2,6, and Kentaro Yano1 1 School of Agriculture, Meiji University, Kawasaki 214-8571, Japan 2 Division of Cellular Dynamics, National Institute for Basic Biology, Okazaki 444-8585, Japan 3 Research Center for Experimental Modeling of Human Disease, Kanazawa University, Kanazawa 920-0934, Japan 4 Department of Life Science, Rikkyo University, Tokyo 171‐8501, Japan 5 RIKEN Center for Sustainable Resource Science, Yokohama 230-0045, Japan 6 Department of Basic Biology, SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies), Okazaki 444-8585, Japan This directory contains 0_README (this file) 1_Marchantia_FL_data 2_Physcomitrella_FL_data 3_Physcomitrella_TEM_images 4_PAML 1_Marchantia_FL_data Raw image data using quantification of spermatid phenotypes in Marchantia. quantification.xlsx: Summary of quantification data. 211111 and 211210: Observation date. ∟Mpbld10-1, Mpbld10-2, and Tak-1: Observed lines. ∟raw data: *.lsm files are raw image data. ∟binary image: *.tif files are binarization images of the Hoechst33342 data. ∟DIC: *.tif files are maximum intensity projection images of the C2 channels (detection of DIC images) of the raw data. ∟Hoechst33342: *.tif files are maximum intensity projection images of the C1 channels (detection of Hoechst33342 signals) of the raw data. 2_Physcomitrella_FL_data Merged data of DIC and Hoechst33342 signal images using quantification of spermatid phenotypes in Physcomitrella. line22-*.png: The images of Ppbld10-22 mutant. line30-*.png: The images of Ppbld10-30 mutant. wt.png: The images of wild type. Number in the images 1: With flagella 2: Without flagella 3_Physcomitrella_TEM_images TEM images of spermatids in the Ppbld10-30 mutant, except for images shown in Supporting Information Fig. S11. 4_PAML Files using analysis by PALM. input.fasta: Input multi fasta file. species_tree.nwk: The gene tree file for the global clock model (rooted using chlorophytes as an outgroup). species_tree_marked.nwk: A gene tree file with marks specifying land plant stem and crown branches as category #1 (for a local clock model). clock1: A directory containing output files of a PAML run with the global clock model (clock = 1) clock2: A directory containing output files of a PAML run with a local clock model (clock = 2). The branches assumed to have a different rate (r1) than the default rate r0 are specified with #1 in species_tree_marked.nwk.</pre>数据来源：系统发育分布与表达模式分析鉴定出一种参与陆生植物精子发生的分化型基体组装蛋白 作者信息 Shizuka Koshimizu¹, Naoki Minamino², Tomoaki Nishiyama³, Emiko Yoro⁴, Mayuko Sato⁵, Mayumi Wakazaki⁵, Kiminori Toyooka⁵, Kazuo Ebine²,⁶, Keiko Sakakibara⁴, Takashi Ueda²,⁶, 以及 Kentaro Yano¹ 1 明治大学农学院，日本川崎 214-8571 2 基础生物学研究所细胞动力学研究部，日本冈崎 444-8585 3 金泽大学人类疾病实验建模研究中心，日本金泽 920-0934 4 立教大学生命科学系，日本东京 171-8501 5 理化学研究所可持续资源科学中心，日本横滨 230-0045 6 高等研究研究生院（SOKENDAI）基础生物学系，日本冈崎 444-8585 本数据集目录包含以下内容：0_README（本说明文件）、1_地钱（Marchantia）荧光定量数据、2_小立碗藓（Physcomitrella）荧光定量数据、3_小立碗藓（Physcomitrella）透射电镜图像、4_PAML分析文件 1_地钱（Marchantia）荧光定量数据 本部分包含地钱精子表型定量分析的原始图像数据。 quantification.xlsx：定量数据汇总文件。 211111与211210：实验观测日期。 ├ Mpbld10-1、Mpbld10-2及Tak-1：观测所用的实验株系。 ├ 原始数据：*.lsm格式文件为原始图像数据。 ├ 二值化图像：*.tif格式文件为Hoechst33342染色数据的二值化处理图像。 ├ 差分干涉对比度（DIC）成像：*.tif格式文件为原始数据C2通道（DIC图像检测）的最大强度投影图像。 ├ Hoechst33342成像：*.tif格式文件为原始数据C1通道（Hoechst33342信号检测）的最大强度投影图像。 2_小立碗藓（Physcomitrella）荧光定量数据 本部分包含小立碗藓精子表型定量分析所用的DIC与Hoechst33342信号合并图像数据。 line22-*.png：Ppbld10-22突变体的成像文件。 line30-*.png：Ppbld10-30突变体的成像文件。 wt.png：野生型（wild type）的成像文件。 图像中的数字标注含义：1 代表带有鞭毛，2 代表无鞭毛。 3_小立碗藓（Physcomitrella）透射电镜（TEM）图像 本部分包含Ppbld10-30突变体精子的透射电镜图像（不包含补充信息图S11中的图像）。 4_PAML分析文件 本部分包含使用PAML（最大似然法系统发育分析软件）进行分析的相关文件： input.fasta：多序列FASTA输入文件。 species_tree.nwk：全局分子钟模型的基因树文件（以绿藻（chlorophytes）作为外类群进行定根）。 species_tree_marked.nwk：带有标记的基因树文件，该文件将陆生植物的茎干分支和冠群分支标记为类别#1（用于局部分子钟模型）。 clock1：包含全局分子钟模型（clock=1）运行PAML所得输出文件的目录。 clock2：包含局部分子钟模型（clock=2）运行PAML所得输出文件的目录。 在species_tree_marked.nwk中，默认速率r0以外具有不同速率r1的分支以#1进行标注。