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Cell and gene data for testicular single-cell RNA-Seq

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DataCite Commons2020-08-30 更新2024-07-27 收录
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资源简介:
Tables containing additional information on genes and cell obtained from single-cell RNA-Seq analysis of mouse testis data. <br>SuppTableCells.xlsx contains the 10X Barcode as identifier, the replicate ID, position in the t-SNE plot, UMI and gene count per cell, the proportion of mitochondrial transcripts, cluster ID obtained by k-Means clustering (k=9), inferred cell type, and pseudotime information obtained using monocle and Scrat.<br>SuppTableGenes contains the average expression value, fold-change compared to other cell types, and p-value relative to other cell types for each gene that was expressed in the dataset.<br>

本数据集包含从小鼠睾丸单细胞RNA测序(single-cell RNA-Seq)分析中获取的基因与细胞相关补充信息。 SuppTableCells.xlsx 包含以下信息:以10X条形码(10X Barcode)作为细胞标识符、重复样本ID、t分布邻域嵌入(t-SNE)图中的位置、每个细胞的UMI计数与基因计数、线粒体转录本占比、通过k均值聚类(k-Means clustering,k=9)得到的聚类ID、推断的细胞类型,以及使用monocle和Scrat获取的拟时间信息。 SuppTableGenes 包含本数据集中所有表达基因的平均表达量、与其他细胞类型相比的倍数变化值,以及相较于其他细胞类型的显著性p值。
提供机构:
figshare
创建时间:
2018-04-13
5,000+
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54 个
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