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termite16S_distribution

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DataONE2013-01-03 更新2024-06-27 收录
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The termite16S_distribution.csv is a spreadsheet showing the occurrence of each read in each sample, so that one can easily find out what sequence belongs to what sample. The order of the read names is exactly the same as the sequence file. The output of ESPRIT provides a list of read indices belong to the same OTU (be aware that the indices are zero-based). By summing up the corresponding rows in termite16S_distribution.csv, one will easily get the breakdown of the OTU among samples. The S7 to S18 represent 16S data collected from three different colonies (S7-S10; S11-S14; and S15-S18) fed paper and wood (S7,S11,S15) and paper (S8, S12, S16), wood (S9,S13, S17). Termites sampled directly from lab colonies are represented by S10, S14, and S18.

termite16S_distribution.csv 是一份记录各测序读段(read)在不同样本中分布情况的电子表格,可帮助研究人员快速明确某条序列所属的样本。该表格中的读段名称排序与原始序列文件完全一致。 ESPRIT 的输出结果会提供属于同一操作分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU)的读段索引列表,请注意此处索引采用零基计数方式。通过对 termite16S_distribution.csv 中对应行进行求和运算,即可快速得到该操作分类单元在各样本中的分布情况。 S7至S18为取自三个不同白蚁种群的16S测序数据,每个种群对应4个样本(即S7-S10、S11-S14及S15-S18)。其中,各种群内的S7、S11、S15为投喂纸张与木材的实验组样本,S8、S12、S16为仅投喂纸张的实验组样本,S9、S13、S17为仅投喂木材的实验组样本;而S10、S14、S18则为直接从实验室种群中采集的白蚁样本。
创建时间:
2013-01-03
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