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Input data for Atollgen pipeline

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Zenodo2023-05-26 更新2026-05-25 收录
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Input data for Atollgen pipeline Contains: Frozen island raw sources (atollgen database inputs) hmm database (integrase and mobility signatures coming from ConjScan and Pfam-A) categorisation metadata for each signature contained in the integrase and mobility database Frozen genomes sequences from the NCBI Frozen list of actinobacteria taxonomy ids Frozen defense-finder database Frozen cards Frozen data ensure reproducibility for the pipeline, but up-to-date data should give similar (yet not identical) results.

Atollgen流水线的输入数据包含以下内容:冻结版岛屿原始数据源(作为Atollgen数据库的输入项);收录了来自ConjScan与Pfam-A的整合酶与移动性特征序列的隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)数据库;整合酶与移动性特征数据库中各特征的分类元数据;来自美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)的冻结版基因组序列;冻结版放线菌分类学标识符列表;冻结版防御因子查找数据库(defense-finder database);冻结版CARD数据库(抗生素抗性基因综合数据库,Comprehensive Antibiotic Resistance Database, CARD)。上述冻结数据可保障该流水线的实验可复现性;若使用最新版本的数据集,则可获得相似但不完全一致的分析结果。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2022-07-03
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