Refined, automatic nuclei segmentations in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of isolated murine pancreatic islets (jrc_mus-pancreas-1)

Segmentation description: Nuclei segmentations in jrc_mus-pancreas-1 using Cellpose 3.0.9 with cursory manual corrections.
Software: Cellpose 3.0.9
Software DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4
Prediction Duration (seconds): 599.51
GPU: NVIDIA TITAN RTX
RAM: 251.0 GiB
Label voxel size (nm): 128 x 128 x 128 (x, y, z)
Reconstructed data dimensions (µm): 30 x 20 x 25 (x, y, z)
Classes annotated: Nucleus
Source dataset (EM) ID: jrc_mus-pancreas-1
Source dataset (EM) voxel size (nm): 4.0 x 4.0 x 3.4 (x, y, z)
Source dataset (EM) data dimensions (µm): 30 x 20 x 25 (x, y, z)
Source dataset (EM) DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.13114499
Dataset URL: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-pancreas-1/jrc_mus-pancreas-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
Visualization website: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-pancreas-1

分割任务说明：针对jrc_mus-pancreas-1数据集的细胞核分割任务，采用Cellpose 3.0.9完成自动分割，并辅以粗略人工修正。
软件：Cellpose 3.0.9
软件关联DOI：https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4
推理时长（秒）：599.51
图形处理器（GPU）：NVIDIA TITAN RTX
随机存取内存（RAM）：251.0 GiB
标注体素尺寸（纳米）：128×128×128（x、y、z轴）
重建数据维度（微米）：30×20×25（x、y、z轴）
标注类别：细胞核
源数据集（电子显微镜，Electron Microscopy）ID：jrc_mus-pancreas-1
源数据集（电子显微镜）体素尺寸（纳米）：4.0×4.0×3.4（x、y、z轴）
源数据集（电子显微镜）数据维度（微米）：30×20×25（x、y、z轴）
源数据集（电子显微镜）关联DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.13114499
数据集访问URL：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-pancreas-1/jrc_mus-pancreas-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-pancreas-1