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Plant Protein Variation Effect Detector (PPVED) can predict the effect of SAASs on protein function in plants. PPVED achieved an 87% predictive accuracy when applied to plant SAASs, an accuracy that was much higher than those from six human database software: SIFT, PROVEAN, PANTHER-PSEP, PhD-SNP, PolyPhen-2, and MutPred2.

植物蛋白变异效应检测器(Plant Protein Variation Effect Detector,PPVED)可预测单氨基酸替换(Single Amino Acid Substitutions,SAASs)对植物蛋白质功能的影响。将PPVED应用于植物来源的单氨基酸替换数据时,其预测准确率达到87%,这一准确度远高于SIFT、PROVEAN、PANTHER-PSEP、PhD-SNP、PolyPhen-2及MutPred2这6款人类数据库软件的预测结果。

提供机构:
四川农业大学
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背景与挑战
背景概述
PPVED是一个用于预测植物中单氨基酸替换对蛋白质功能影响的工具。它在预测植物SAAS时达到了87%的准确率,优于SIFT等六种人类数据库软件。该工具通过输入蛋白质序列和替换信息进行计算,结果可通过邮件或指定网址查看。
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