TABLE S6, PANGENOME

Information for pangenome analyses of <em>Bifidobacterium</em> species used in this study. <strong>A</strong>) 107 published <em>B. breve </em>genomes used in the analyses; <strong>B</strong>) 310 published genomes <em>B. longum</em> genomes used in the analyses; <strong>C</strong>) homologous gene clusters (HGCs) of <em>B. breve</em> generated in metapangenome analyses using 26 <em>in-house</em> MAGs and 107 published genomes; <strong>D</strong>) HGCs of <em>B. longum</em> generated using 26 <em>in-house</em> MAGs and 107 published genomes; <strong>E</strong>) statistics of metapangenome analyses of <em>B. breve </em>and <em>B. longum</em> genomes; <strong>F</strong>) strains-specific HGCs that was only observed in <em>B. breve </em>in this cohort; <strong>G</strong>) enriched<em> B. breve </em>HGCs; <strong>H</strong>) COG functions in <em>B. breve</em> genomes enriched in this study comparing the other genomes of genBank; <strong>I</strong>) PFAM functions in <em>B. breve</em> genomes enriched in this study comparing the other genomes of genBank; <strong>J</strong>) ANI (Average Nucleotide Identity) score of the <em>B. breve</em> genomes used in this study.

本研究所用双歧杆菌（Bifidobacterium）物种泛基因组分析相关信息如下：
A) 本分析中使用的107株已发表的短双歧杆菌（B. breve）基因组；
B) 本分析中使用的310株已发表的长双歧杆菌（B. longum）基因组；
C) 结合26株内部自制宏基因组组装基因组（Metagenome-Assembled Genomes, MAGs）与107株已发表基因组，通过宏泛基因组（metapangenome）分析得到的短双歧杆菌同源基因簇（homologous gene clusters, HGCs）；
D) 结合26株内部自制MAGs与107株已发表基因组，通过宏泛基因组分析得到的长双歧杆菌同源基因簇；
E) 短双歧杆菌与长双歧杆菌基因组的宏泛基因组分析统计数据；
F) 本研究队列中仅于短双歧杆菌中观测到的菌株特异性同源基因簇；
G) 富集的短双歧杆菌同源基因簇；
H) 相较于基因银行（GenBank）中其他双歧杆菌基因组，本研究中短双歧杆菌基因组所富集的直系同源蛋白簇（Cluster of Orthologous Groups, COG）功能注释；
I) 相较于GenBank中其他双歧杆菌基因组，本研究中短双歧杆菌基因组所富集的蛋白质家族（Protein Family, PFAM）功能注释；
J) 本研究所用短双歧杆菌基因组的平均核苷酸同源性（Average Nucleotide Identity, ANI）评分。