Refined, automatic nuclei segmentations in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse liver (jrc_mus-liver-2)

Segmentation description: Nuclei segmentations in jrc_mus-liver-2 using Cellpose 3.0.9 with cursory manual corrections.
Software: Cellpose 3.0.9
Software DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4
Prediction Duration (seconds): 601.97
GPU: NVIDIA TITAN RTX
RAM: 251.0 GiB
Label voxel size (nm): 128 x 128 x 128 (x, y, z)
Reconstructed data dimensions (µm): 82.208, 92.088, 101.704 (X, Y, Z)
Classes annotated: Nucleus
Source dataset (EM) ID: jrc_mus-liver-2
Source dataset (EM) voxel size (nm): 8.0 x 8.0 x 8.0 (X, Y, Z)
Source dataset (EM) data dimensions (µm): 82.208, 92.088, 101.704 (X, Y, Z)
Source dataset (EM) DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.23411426
Dataset URL: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-2/jrc_mus-liver-2.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
Visualization website: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-2

分割任务说明：使用Cellpose 3.0.9对jrc_mus-liver-2数据集进行细胞核分割，并辅以粗略的人工校正。
软件：Cellpose 3.0.9
软件DOI：https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4
预测耗时（秒）：601.97
图形处理器：NVIDIA TITAN RTX
内存：251.0 GiB
标注体素尺寸（纳米）：128×128×128（X、Y、Z轴）
重建后数据维度（微米）：82.208、92.088、101.704（X、Y、Z轴）
标注类别：细胞核
源电子显微镜数据集ID：jrc_mus-liver-2
源电子显微镜数据集体素尺寸（纳米）：8.0×8.0×8.0（X、Y、Z轴）
源电子显微镜数据集数据维度（微米）：82.208、92.088、101.704（X、Y、Z轴）
源电子显微镜数据集DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.23411426
数据集URL：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver-2/jrc_mus-liver-2.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver-2