Приложения к отчёту по гранту РНФ № 22-14-00330

Приложения к отчёту по гранту РНФ № 22-14-00330 Таблица 1 содержит описание криптических кассетных экзонов, найденных в данных RNA-Seq GTEx. Для каждого кассетного экзона сообщаются координаты, степень покрытия и поддержка ЭЭС в данных GTEx, уровень консервативности в выравнивании 100 позвоночных (столбцы SR_support, Coverage, phastCons_score соответственно). Cреди КЭ выделены ядовитые экзоны (столбец transcript_biotype) и указано изменение включения КЭ в экспериментах по подавлению NMD в клеточной линии A549 (столбец CHX_dPSI). Таблица 2 содержит описание криптических альтернативных сайтов сплайсинга, найденных в данных RNA-Seq GTEx. Для каждого альтернативного сайта сообщаются координаты, степень покрытия и поддержка ЭЭС в данных GTEx, уровень консервативности в выравнивании 100 позвоночных (столбцы SR_support, Coverage, phastCons_score соответственно). Таблица 3 содержит информацию о регионах, содержащих событие НС и обогащенных мутациями в опухолях - гене и координатах ядовитого или необходимого экзона и фланкирующих его интронов, средней консервативности региона по phastCons (столбец mean_conservation_score), плотности мутаций в регионе (столбцы mutation_density_tcga, mutation_density_icgc), а также о статьях, в которых описан возможный механизм вовлечения гена в патогенез онкологических заболеваний. Таблица 4 содержит информацию о доменах РСБ, обогащенных мутациями в опухолях, и плотности соматических опухолевых мутаций в них (столбец mutation_density). Таблица 5 содержит список регуляторных событий непродуктивного сплайсинга и описание их реакции на пертурбацию экспрессии РСБ. Для пар (событие; эксперимент по пертурбации) сообщается изменение уровня включения в эксперименте по пертурбации с и без подавления системы NMD (столбцы dpsi+CHX, dpsi-CHX), изменение экспрессии в эксперименте по пертурбации (столбец log2FoldChange), изменение включения при подавлении системы NMD (столбец dpsi_chx). Кроме того, в таблице собрана информация об ассоциации генов и событий с развитием опухоли из баз данных Cancer Gene Census (CGC), OnkoKB, ASCancer Atlas (столбец tumor_associated) и предложены типы опухолей, в которых изменение экспрессии РСБ, изменение включения события и изменение экспрессии целевого гена направлены согласованно (столбец tcga_eff). Таблица 6 содержит список последовательностей праймеров и миРНК для нокдауна регуляторов.俄罗斯科学基金（Russian National Research Fund, RNF）编号22-14-00330项目报告附件 **表1** 收录了GTEx数据库RNA-Seq数据中鉴定得到的隐性盒式外显子（cryptic cassette exons）的相关信息。针对每个盒式外显子，依次提供其基因组坐标、覆盖度、GTEx数据中的外显子-外显子剪接位点支持度，以及100种脊椎动物序列比对中的保守性水平（分别对应列SR_support、Coverage、phastCons_score）。本表格依据转录本生物型（transcript_biotype）列，从隐性盒式外显子中单独标注出毒性外显子，并提供了在A549细胞系中开展的无义介导的mRNA降解（nonsense-mediated mRNA decay, NMD）抑制实验中，该外显子的包含率变化情况（对应列CHX_dPSI）。 **表2** 收录了GTEx数据库RNA-Seq数据中鉴定得到的隐性可变剪接位点（cryptic alternative splicing sites）的相关信息。针对每个可变剪接位点，依次提供其基因组坐标、覆盖度、GTEx数据中的外显子-外显子剪接位点支持度，以及100种脊椎动物序列比对中的保守性水平（分别对应列SR_support、Coverage、phastCons_score）。 **表3** 收录了肿瘤中突变富集的区域相关信息，涵盖基因、毒性或必需外显子及其侧翼内含子的坐标、该区域基于phastCons计算的平均保守性得分（对应列mean_conservation_score）、区域突变密度（对应列mutation_density_tcga、mutation_density_icgc），以及描述该基因参与肿瘤发生潜在致病机制的相关文献信息。 **表4** 收录了肿瘤中突变富集的RNA结合蛋白（RNA-binding protein, RBP）结构域的相关信息，以及这些结构域中的体细胞肿瘤突变密度（对应列mutation_density）。 **表5** 收录了无效剪接（non-productive splicing）调控事件的列表，以及这些事件对RNA结合蛋白（RNA-binding protein, RBP）表达扰动的响应特征。针对「事件-扰动实验」配对，依次提供了存在/不存在NMD抑制时，扰动实验中外显子包含率的变化（分别对应列dpsi+CHX、dpsi-CHX）、扰动实验中的基因表达变化（对应列log2FoldChange），以及NMD抑制时的外显子包含率变化（对应列dpsi_chx）。此外，本表格整合了来自Cancer Gene Census（CGC）、OnkoKB、ASCancer Atlas数据库的基因与事件的肿瘤关联信息（对应列tumor_associated），并列出了RNA结合蛋白表达变化、事件包含率变化与靶基因表达变化方向一致的肿瘤类型（对应列tcga_eff）。 **表6** 收录了用于调控因子敲低实验的引物序列与microRNA（miRNA）列表。