Manual organelle segmentations (crop22) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of immortalized breast cancer cell (jrc_sum159-1)

<b>This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation Challenge</b><br><br>- <b>Challenge DOI:</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966<br><br>- <b>Challenge Website:</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/<br><br><b>Annotation description</b>: Dense segmentations of vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, endosome lumen, microtubule out, microtubule in, cytosol, endosome, vesicle, lipid droplet, endoplasmic reticulum, microtubule, cell, endoplasmic reticulum membrane collective in jrc_sum159-1 using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.<br><br><b>Annotation ID</b>: crop22<br><br><b>Primary Annotator</b>: COSEM Project Team<br><br><b>Annotation protocol</b>: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)<br><br><b>Software</b>: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom<br><br><b>Annotated voxel size (nm)</b>: 2 x 2 x 2 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data dimensions (µm)</b>: 0.68 x 0.68 x 0.4 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data offset (nm)</b>: 16039 x 1839 x 21519 (x, y, z)<br><br><b>Classes annotated</b>: vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, endosome lumen, microtubule out, microtubule in, cytosol, endosome, vesicle, lipid droplet, endoplasmic reticulum, microtubule, cell, endoplasmic reticulum membrane collective<br><br><b>Dataset URL</b>: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_sum159-1/jrc_sum159-1.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop22<br><br><b>Source (EM) dataset ID</b>: jrc_sum159-1<br><br><b>Source (EM) voxel size (nm)</b>: 4 x 4 x 4.56 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) data dimensions (µm)</b>: 64 x 11.2 x 34.8 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) DOI</b>: https://doi.org/10.25378/janelia.13114352<br><br><b>Visualization website</b>: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_sum159-1<br><br><b>Publication:</b> <i>CellMap Segmentation Challenge,</i> 2024.<br><br><b>The CellMap Project Team during this time consisted of:</b> David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.<br><br><b>The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of:</b> Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

**本数据集属于2024年CellMap分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）**

- **挑战赛DOI（数字对象标识符）**：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966

- **挑战赛官网**：https://cellmapchallenge.janelia.org/

**标注说明**：针对jrc_sum159-1样本，使用Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom以及《用于机器学习的虚拟电子显微镜图像中细胞器手动分割（V.3）》标注协议，完成了以下类别的密集分割：囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、脂滴腔（lipid droplet lumen）、脂滴膜（lipid droplet membrane）、内体腔（endosome lumen）、微管外侧（microtubule out）、微管内侧（microtubule in）、细胞质基质（cytosol）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、脂滴（lipid droplet）、内质网（endoplasmic reticulum）、微管（microtubule）、细胞（cell）、内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）。

**标注ID**：crop22

**主要标注团队**：COSEM项目团队（COSEM Project Team）

**标注协议**：用于机器学习的虚拟电子显微镜（vEM）图像中细胞器手动分割（V.3）（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）

**使用软件**：Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom

**标注体素尺寸（纳米）**：2 × 2 × 2（x、y、z轴）

**标注数据维度（微米）**：0.68 × 0.68 × 0.4（x、y、z轴）

**标注数据偏移量（纳米）**：16039 × 1839 × 21519（x、y、z轴）

**标注类别**：囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、脂滴腔（lipid droplet lumen）、脂滴膜（lipid droplet membrane）、内体腔（endosome lumen）、微管外侧（microtubule out）、微管内侧（microtubule in）、细胞质基质（cytosol）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、脂滴（lipid droplet）、内质网（endoplasmic reticulum）、微管（microtubule）、细胞（cell）、内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）

**数据集地址**：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_sum159-1/jrc_sum159-1.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop22

**源电子显微镜数据集ID**：jrc_sum159-1

**源电子显微镜体素尺寸（纳米）**：4 × 4 × 4.56（x、y、z轴）

**源电子显微镜数据维度（微米）**：64 × 11.2 × 34.8（x、y、z轴）

**源电子显微镜数据集DOI**：https://doi.org/10.25378/janelia.13114352

**可视化官网**：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_sum159-1

**关联出版物**：《CellMap分割挑战赛》，2024年。

**本项目期间的CellMap项目团队成员包括**：David Ackerman、Davis Bennett、Marley Bryant、Hannah Nguyen、Grace Park、Alyson Petruncio、Alannah Post、Jacquelyn Price、Diana Ramirez、Jeff Rhoades、Rebecca Vorimo、Aubrey Weigel、Marwan Zouinkhi、Yurii Zubov。

**本项目期间的CellMap项目指导委员会成员包括**：Misha Ahrens、Christopher Beck、Teng-Leong Chew、Daniel Feliciano、Jan Funke、Harald Hess、Wyatt Korff、Jennifer Lippincott-Schwartz、Zhe J. Liu、Kayvon Pedram、Stephan Preibisch、Stephan Saalfeld、Ronald Vale、Aubrey Weigel。