Proteome-Level Functional Redundancy in the Human Gut Microbiome

Here, we quantify the proteome-level functional redundancy in the human gut microbiome using metaproteomics and network approaches.In particular, we used an ultra-deep metaproteomics approach based on high-pH reverse phase fractionation. The data analysis revealed high protein-level functional redundancy and high nestedness in proteomic content networks - bipartite graphs that connect taxa with their expressed functions.本研究借助宏蛋白质组学（metaproteomics）与网络分析方法，对人类肠道微生物组的蛋白质组水平功能冗余性进行定量分析。具体而言，本研究采用了基于高pH反相分级分离的超深度宏蛋白质组学方法。数据分析结果显示，在蛋白质组含量网络——即连接微生物分类群与其表达功能的二分图（bipartite graphs）——中，存在较高的蛋白质组水平功能冗余性与高度的嵌套性（nestedness）。