POPC with 0, 10, 20, and 30 mol-% of cholesterol at 310 K. Slipids force field.
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Simulations of a POPC bilayer with varying amounts<br> of cholesterol. This data is employed for the NMRlipids<br> project, see <em>http://nmrlipids.blogspot.fi</em> for more information. A POPC bilayer consisting of 200 lipids (100 per leaflet) <br> is simulated in the presence of 0% (0 molecules), 10 %<br> (22 molecules), 20 % (50 molecules), or 30 % (86 molecules)<br> of cholesterol. The Slipids model [1–3] is employed for lipids,<br> and the tip3p model for water. The Slipids force field parameters were downloaded from<br> http://mmkluster.fos.su.se/slipids/ –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– The files are in GROMACS format. Trajectory (.xtc) is <br> 100 ns long with data saved every 100 ps. Additionally,<br> the initial structure (.gro), topology (.top), index file (.ndx),<br> binary run input file for GROMACS v. 4.6–> (.tpr) and the<br> energy output file (.edr) are provided together with the run<br> parameter file (.mdp) employed to run all the simulations. –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] Derivation and Systematic Validation of a Refined <br> All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> The Journal of Physical Chemistry B 2012 116 (10), 3164-3179<br> DOI: 10.1021/jp212503e [2] An Extension and Further Validation of an All-Atomistic <br> Force Field for Biological Membranes<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2012 8 (8), 2938-2948<br> DOI: 10.1021/ct300342n [3] Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2013 9 (1), 774-784<br> DOI: 10.1021/ct300777p
不同胆固醇含量的1-棕榈酰-2-油酰基-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）双层膜模拟体系。本数据集用于NMRlipids项目，更多信息请参见http://nmrlipids.blogspot.fi。 本研究构建了包含200个脂质分子（每个膜双层小叶各100个）的POPC双层膜体系，分别在胆固醇摩尔占比为0%（0个分子）、10%（22个分子）、20%（50个分子）及30%（86个分子）的条件下进行模拟。脂质体系采用Slipids力场[1–3]，水分子采用tip3p模型。 Slipids力场参数下载自http://mmkluster.fos.su.se/slipids/ –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– 所有数据文件均采用GROMACS格式存储。轨迹文件（.xtc）时长为100 ns，每100 ps保存一次数据。此外，还提供了初始结构文件（.gro）、拓扑文件（.top）、索引文件（.ndx）、适用于GROMACS 4.6及以上版本的二进制运行输入文件（.tpr）、能量输出文件（.edr），以及用于运行所有模拟的运行参数文件（.mdp）。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] 《磷脂酰胆碱脂质精细化全原子力场的推导与系统验证》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克、亚历山大·P·柳巴茨夫，《物理化学杂志B辑》，2012年，第116卷第10期，3164-3179页，DOI：10.1021/jp212503e [2] 《生物膜全原子力场的扩展与进一步验证》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克、亚历山大·P·柳巴茨夫，《化学理论与计算杂志》，2012年，第8卷第8期，2938-2948页，DOI：10.1021/ct300342n [3] 《膜谜题的又一块拼图：进一步扩展Slipids力场》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克、亚历山大·P·柳巴茨夫，《化学理论与计算杂志》，2013年，第9卷第1期，774-784页，DOI：10.1021/ct300777p
